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AF3 ProteinDataset类的getitem方法解读

news 来源：原创 2025/9/10 10:16:03

AlphaFold3 protein_dataset 模块 ProteinDataset 类 __getitem__ 方法用于从数据集中获取一个条目，并根据配置对数据进行处理。

源代码：

   def __getitem__(self, idx):"""Return an entry from the dataset.If a clusters file is provided, then the idx is the index of the clusterand the chain is randomly selected from the cluster. Otherwise, the idxis the index of the data entry and the chain is randomly selected fromthe data entry."""chain_id = Nonecdr = Noneidx = self.indices[idx]if self.clusters is None:id = self.data[idx]  # data is already filtered by lengthchain_id = random.choice(list(self.files[id].keys()))if self.cdr is not None:while chain_id.split("__")[1] not in self.cdr:chain_id = random.choice(list(self.files[id].keys()))else:cluster = self.data[idx]id = Nonechain_n = -1while (id is None or len(self.files[id][chain_id]) == 0):  # some IDs can be filtered out by lengthif self.shuffle_clusters:chain_n = random.randint(0, len(self.clusters[cluster]) - 1)else:chain_n += 1

AF3 ProteinDataset类的getitem方法解读

AlphaFold3 protein_dataset 模块 ProteinDataset 类 __getitem__ 方法用于从数据集中获取一个条目，并根据配置对数据进行处理。源代码： def __getitem__(self, idx):"""Return an entry from the dataset.If a clusters file is provided, then the idx i…...

编程日记 2025/9/10 10:16:03

NLP 梳理02 — 标点符号和大小写

文章目录一、说明二、为什么文本预处理中需要小写2.1 为什么小写在文本预处理中至关重要？2.2 区分大小写对 NLP 任务的影响三、删除标点符号及其对 NLP 任务的影响3.1 什么是标点符号？3.2 为什么在文本预处理中删除标点符号？3.3 删除标点符…...

编程日记 2025/9/8 13:38:36

HarmonyOS中的多线程并发机制

目录多线程并发1. 多线程并发概述2 多线程并发模型3 TaskPool简介4 Worker简介4.1 Woker注意事项4.2 Woker基本用法示例 5. TaskPool和Worker的对比5.1 实现特点对比5.2 适用场景对比多线程并发 1. 多线程并发概述并发模型是用来实现不同应用场景中并发任务的编程模型&…...

编程日记 2025/9/7 22:15:35

游戏引擎学习第221天:(实现多层次过场动画)

资产: intro_art.hha 已发布在下载页面，你会看到一个新的艺术包。你将需要这个艺术包来进行接下来的开发工作。这个艺术包是由一位艺术家精心制作并打包成我们设计的格式，旨在将这些艺术资源直接应用到游戏中。它包含了许多我们会在接下来的直播中使用…...

编程日记 2025/9/3 14:02:48

Python | 在Pandas中按照中值对箱形图排序

箱形图是可视化数据分布的强大工具，因为它们提供了对数据集内的散布、四分位数和离群值的洞察。然而，当处理多个组或类别时，通过特定的测量（如中位数）对箱形图进行排序可以提高清晰度并有助于揭示模式。在本文中&#…...

编程日记 2025/9/8 15:49:59

openapi + knife4j的使用

一、依赖作用与关系 1. springdoc-openapi-starter-webmvc-api • 核心功能： 基于 OpenAPI 3 规范，自动生成 API 文档元数据（JSON 格式），并集成 Spring MVC。提供Tag Operation、Schema 等注解，支持通过…...

编程日记 2025/9/5 4:31:19

数据结构*包装类泛型

包装类什么是包装类在讲基本数据类型的时候，有提到过包装类。基本数据类型包装类byteByteshortShortintIntegerlongLongfloatFloatdoubleDoublecharCharacterbooleanBoolean 我们知道：基本数据类型并不是对象，没有对象所具有的方法和属…...

编程日记 2025/9/4 19:57:45

Azure Synapse Dedicated SQL pool里大型表对大型表分批合并数据的策略

Azure Synapse Dedicated SQL pool中大型表的数据通过MERGE INTO语句合并到另一张大型表的时间很长，容易造成运行超时，而有的时候超时的时间是管理设置，由客户控制，无法修改。这种时候为了确保操作可以运行成功，需要将…...

编程日记 2025/9/5 1:00:56

Day81 | 灵神 | 快慢指针链表的中间结点环形链表

Day81 | 灵神 | 快慢指针链表的中间结点环形链表 876.链表的中间结点 876. 链表的中间结点 - 力扣（LeetCode） 思路： 设置两个指针，一个快指针r一个慢指针l 初始都是头结点我们要求的是中间节点所以快指针走两步&#x…...

编程日记 2025/9/10 6:03:55

【DDR 内存学习专栏 1.2 -- DDR Channel 介绍】

文章目录 1. DDR中的通道（Channel）概念1.1 DDR Channel 与 DDRC1.2 DIMM 内存插槽1.3 物理通道的定义1.3.1 多通道的作用 1.4 通道的硬件实现1.5 多核系统的DDR通道分配策略 1. DDR中的通道（Channel）概念关于 DDR 通道&#xff…...

编程日记 2025/9/9 1:30:14

深入解析xDeepFM：结合压缩交互网络与深度神经网络的推荐系统新突破

今天是周日，我来解读一篇有趣的文章——xDeepFM。这篇文章由 Mao et al. 发表在SIGIR 2019会议。文章提出了一个新的网络模型——压缩交互网络（CIN），用于显式地学习高阶特征交互。通过结合 CIN 和传统的深度神经网络（D…...

编程日记 2025/9/7 21:45:26

Mybatis 中＜mappers＞标签四种配置方式

在MyBatis中，我们可以通过四种不同的方式来配置Mappers标签 : 1. 使用 <package name=""> 批量扫描包这种方式通过指定一个包名，MyBatis 会自动扫描该包下的所有接口并注册为映射器。 <mappers><package name="com.example.mapper"/&…...

编程日记 2025/9/10 0:54:24

科技赋能记忆共生-郑州

故事背景故事发生在中国河南郑州的现代城市环境中，这里描绘了人与科技的交融与共生。多样的场景展示了人与自然、历史与未来的互动，通过各种科技手段与古老文化相结合，展现出未来城市的独特魅力。故事内容在中国河南郑州，一座科…...

编程日记 2025/9/4 4:24:30

根据开始日期和结束日志统计共有多少天和每天的营业额

controller 重点：根据时间格式接受时间类型参数 DateTimeFormat(pattern "yyyy-MM-dd") LocalDateTime begin, DateTimeFormat(pattern "yyyy-MM-dd") LocalDateTime end) RestController RequestMapping("/admin/report") Slf4…...

编程日记 2025/9/9 12:58:41

LLMs之Agent之A2A：A2A的简介、安装和使用方法、案例应用之详细攻略

LLMs之Agent之A2A：A2A的简介、安装和使用方法、案例应用之详细攻略目录相关文章 LLMs之Agent之A2A：《Announcing the Agent2Agent Protocol (A2A)》翻译与解读 LLMs之Agent之A2A：A2A的简介、安装和使用方法、案例应用之详细攻略 A2A协议…...

编程日记 2025/9/4 16:00:33

深入学习OpenCV：第一章简介

本专栏为零基础开发者打造，聚焦OpenCV在Python中的高效应用，用100%代码实践带你玩转图像处理！ 从环境配置到实战项目，内容涵盖： 1️⃣ 基础篇：图像读写、阈值处理、色彩空间转换 2️⃣ 进阶篇&#xff…...

编程日记 2025/9/10 6:53:35

汉诺塔问题——用贪心算法解决

目录一：起源二：问题描述三：规律三：解决方案递归算法四：代码实现复杂度分析一：起源汉诺塔（Tower of Hanoi）问题起源于一个印度的古老传说。在世界中心贝拿勒斯&#…...

编程日记 2025/9/3 10:38:19

【双指针】专题：LeetCode 283题解——移动零

移动零一、题目链接二、题目三、题目解析四、算法原理两个指针的作用以及三个区间总结五、与快速排序的联系六、编写代码七、时间复杂度、空间复杂度一、题目链接移动零二、题目三、题目解析 “保持非零元素的相对顺序”，比如，示例1中非零元素1…...

编程日记 2025/9/8 15:38:50

2025-4-12-C++ 学习 XOR 三元组异或急转弯问题

C的学习必须更加精进一些，对于好多的函数和库的了解必须深入一些。文章目录 3513. 不同 XOR 三元组的数目 I题解代码 3514. 不同 XOR 三元组的数目 II题解代码晚上，10点半，参加了LC的竞赛，ok了一道，哈哈~ 第二道…...

编程日记 2025/9/7 13:03:25

[MySQL] 索引

索引 1.为什么有索引？2.MySQL的存储（MySQL与磁盘交互的基本单位）3.小总结4.索引的进一步理解4.1测试案例4.2 理解单个page4.3 理解多个page页目录单页情况多页情况 4.4 B树 VS B树4.5 聚簇索引 VS 非聚簇索引1.非聚簇索引2.聚簇索引 5.索引操…...

编程日记 2025/9/7 17:53:38

软考高级--案例分析

架构风格重点交互方式数据结构控制结构扩展方法分类管道-过滤器风格数据流数据仓储风格星型结构以数据为中心，其他构件围绕数据进行交互企业服务总线esb 定义以一个服务总线充当中间件的角色，把各方服务对接起来，所有服务…...

编程日记 2025/9/9 10:11:33

Go - 内存逃逸

概念每个函数都有自己的内存区域来存放自己的局部变量、返回地址等，这个内存区域在栈中进行分配。当函数结束时，这段内存区域会进行释放。但有些变量，我们想在函数结束后仍然使用它，那么就要把这个变量在堆上分配，这…...

编程日记 2025/9/2 15:27:01

【数字电路】第四章组合逻辑电路

一、组合逻辑电路的概述 1.逻辑电路的分类 2.逻辑功能的描述二、组合逻辑电路的分析方法根据输出可以粗略判断输入的数值的大小。三、组合逻辑电路的基本设计方法 1.进行逻辑抽象 2.写出逻辑函数式 3.逻辑函数的化简或变换 4.画出逻辑电路图 5.设计验证与工艺设计转换为…...

编程日记 2025/9/5 8:48:32

提权实战！

就是提升权限，当我们拿到一个shell权限较低，当满足MySQL提权的要求时，就可以进行这个提权。 MySQL数据库提权（Privilege Escalation）是指攻击者通过技术手段，从低权限的数据库用户提升到更高权限&#xff…...

编程日记 2025/9/5 14:58:38

单双线程的理解和 lua基础语法

1.什么是单进程 ，什么是多进程当一个程序开始运行时，它就是一个进程，进程包括运行中的程序和程序所使用到的内存和系统资源。而一个进程又是由单个或多个线程所组成的。 1.1 像apache nginx 这类服务器中间件就是多进程的软件 &#xff0…...

编程日记 2025/9/4 11:37:45

深度学习（对抗）

数据预处理：像素标记与归一化在 GAN 里，图像的确会被分解成一个个像素点来处理。在你的代码里，transform transforms.Compose([transforms.ToTensor(), transforms.Normalize((0.5,), (0.5,))]) 这部分对图像进行了预处理： tra…...

编程日记 2025/9/10 0:21:17

【NLP】 18. Tokenlisation 分词 BPE, WordPiece, Unigram/SentencePiece

1. 翻译系统性能评价方法在机器翻译系统性能评估中，通常既有人工评价也有自动评价方法： 1.1 人工评价人工评价主要关注以下几点： 流利度（Fluency）： 判断翻译结果是否符合目标语言的语法和习惯。充分性…...

编程日记 2025/9/9 14:21:34

详解MYSQL表空间

目录表空间文件表空间文件结构行格式 Compact 行格式变长字段列表 NULL值列表记录头信息列数据溢出页数据页当我们使用MYSQL存储数据时，数据是如何被组织起来的？索引又是如何组织的？在本文我们将会解答这些问题。表空间文…...

编程日记 2025/9/5 7:03:42

lwip移植基于freertos(w5500以太网芯片)

目录一、背景二、lwip移植基于w5500（MACPHY，数据链路层和物理层）1.移植需要的相关文件2、协议栈层级调用3、w5500关键初始化说明三、附录一、背景 1.OSI七层模型图片来自网络 lwip协议栈工作在应用层、传输层、网络层； 网卡…...

编程日记 2025/9/9 3:26:11

【TI MSPM0】IQMath库学习

一、与DSP库的区别二、IQMath库详解 RTS是靠纯软件实现的，而MathACL是靠硬件加速，速度更快三、工程详解 1.导入工程 2.样例详解使用一系列的运算来展示IQMath库，使用的是MathACL实现版本的IQMath库编译加载运行，结果变量叫…...

编程日记 2025/9/4 3:41:22

51单片机光敏电阻5506与ADC0832驱动程序

电路图 5506光敏电阻光强增加电阻值减小以上电路实测无光时电压1.5v 有光且较亮时电压2.7v。转换程序和ADC0832程序如下 // ADC0832引脚定义 sbit ADC_CS P1^2; // 片选信号 sbit ADC_CLK P1^0; // 时钟信号 sbit ADC_DIO P1^1; // 数据线// 获取电压值 - 返回c…...

编程日记 2025/9/3 19:08:52

【Linux】进程创建、进程终止、进程等待

Linux 1.进程创建1.fork 函数2.写时拷贝3.为什么要有写时拷贝？ 2.进程终止1.进程退出场景2.退出码3.进程常见退出方法1.main函数return2.exit库函数3._exit系统调用 3.进程等待1.概念2.必要性3.方法1.wait2.waitpid3.参数status4.参数option5.非阻塞轮询 1.进程创建…...

编程日记 2025/9/9 3:32:18

ReliefF 的原理

🌟 ReliefF 是什么？ ReliefF 是一种“基于邻居差异”的特征选择方法，用来评估每个特征对分类任务的贡献大小。它的核心问题是： “我怎么知道某个特征是不是重要？是不是有能力把不同类别的数据区分开？” 而…...

编程日记 2025/9/9 16:38:18

C++ 数据结构之图：从理论到实践

一、图的基本概念 1.1 图的定义与组成图（Graph）由顶点（Vertex）和边（Edge）组成，形式化定义为： G (V, E) 顶点集合 V：表示实体（如城市、用户） …...

编程日记 2025/9/10 1:25:36

机器学习（5）——支持向量机

1. 支持向量机（SVM）是什么？ 支持向量机（SVM，Support Vector Machine）是一种监督学习算法，广泛应用于分类和回归问题，尤其适用于高维数据的分类。其核心思想是寻找最优分类超平面&am…...

编程日记 2025/9/4 10:36:06

C++学习之使用OPENSSL加解密

目录 1.知识点概述 2.哈希的特点和常用哈希算法散列值长度 3.Linux下openss相关的安装问题 4.md5 api 5.其他哈希算法使用 6.sha1测试 7.哈希值的封装 8.非对称加密特点和应用场景 9.生成密钥对-rsa 10.在内存中生成rsa密钥对-代码 11.将密钥对写入磁盘 12.使用bio方…...

编程日记 2025/9/5 18:47:52

markdown导出PDF,PDF生成目录

1、vscode中安装markdown插件，将编辑的文件导出PDF。 2、安装PDF Guru Anki软件百度网盘：通过网盘分享的文件：PDFGuruAnki 链接: https://pan.baidu.com/s/1nU6avM7NUowhEn1FNZQKkA 提取码: aues PDF中不同的标题需要通过矩形框标注差异&a…...

编程日记 2025/9/9 7:10:31

Node.js中Stream模块详解

Node.js 中 Stream 模块全部 API 详解一、Stream 基础概念 const { Stream } require(stream);// 1. Stream 类型 // - Readable: 可读流 // - Writable: 可写流 // - Duplex: 双工流 // - Transform: 转换流// 2. Stream 事件 // - data: 数据可读时触发 // - end: 数据读…...

编程日记 2025/9/9 11:41:26

Swift的学习笔记（一）

Swift的学习笔记（一） 文章目录 Swift的学习笔记（一）元组基本语法1. **创建元组**2. **访问元组的值**3. **命名的元组**4. **解构元组**5. **忽略某些值** 可选值类型定义 OptionalOptional 的基本使用1. **给 Optional 赋值和取值…...

编程日记 2025/9/7 18:08:17

3.4 函数单调性与曲线的凹凸性

1.函数单调性的定义 1.1.判别法 2.函数凹凸性 2.1 判别法...

编程日记 2025/8/17 20:57:49

随机森林优化 —— 理论、案例与交互式 GUI 实现

目录随机森林优化 —— 理论、案例与交互式 GUI 实现一、引言二、随机森林基本原理与超参数介绍2.1 随机森林概述2.2 随机森林中的关键超参数三、随机森林优化的必要性与挑战3.1 优化的重要性3.2 调优方法的挑战四、常见的随机森林优化策略4.1 网格搜索（Grid Sea…...

编程日记 2025/9/10 7:18:49

Pytorch深度学习框架60天进阶学习计划 - 第41天：生成对抗网络进阶（一）

Pytorch深度学习框架60天进阶学习计划 - 第41天：生成对抗网络进阶（一） 今天我们将深入探讨生成对抗网络(GAN)的进阶内容，特别是Wasserstein GAN（WGAN）的梯度惩罚机制，以及条件生成与无监督生成…...

编程日记 2025/9/8 8:35:57

62. 不同路径

前言本篇文章来自leedcode，是博主的学习算法的笔记心得。如果觉得对你有帮助，可以点点关注，点点赞，谢谢你！ 题目链接 62. 不同路径 - 力扣（LeetCode） 题目描述思路 1.如果m1或者n1就只…...

编程日记 2025/9/6 15:13:57

使用Apache POI实现Java操作Office文件：从Excel、Word到PPT模板写入

在企业级开发中，自动化处理Office文件（如Excel报表生成、Word文档模板填充、PPT批量制作）是常见需求。Apache POI作为Java领域最成熟的Office文件操作库，提供了一套完整的解决方案。本文将通过实战代码，详细讲解如何使…...

编程日记 2025/9/4 17:33:29

基于 RabbitMQ 优先级队列的订阅推送服务详细设计方案

基于 RabbitMQ 优先级队列的订阅推送服务详细设计方案一、架构设计分层架构：订阅管理层（Spring Boot）消息分发层（RabbitMQ Cluster）推送执行层（Spring Cloud Stream）数据存储层（Redis + MySQL）核心组件： +-------------------+ +-------------------+ …...

编程日记 2025/9/5 3:35:05

设计模式（8）——SOLID原则之依赖倒置原则

设计模式（7）——SOLID原则之依赖倒置原则概念使用示例概念高层次的类不应该依赖于低层次的类。两者都应该依赖于抽象接口。抽象接口不应依赖于具体实现。具体实现应该依赖于抽象接口。底层次类：实现基础操作的类（如磁盘操作…...

编程日记 2025/9/7 15:17:03

oracle COUNT(1) 和 COUNT(*)

在 Oracle 数据库中，COUNT(1) 和 COUNT(*) 都用于统计表中的行数，但它们的语义和性能表现存在一些细微区别。 1. 语义区别 COUNT(*) 统计表中所有行的数量，包括所有列值为 NULL 的行。它直接针对表的行进行计数，不关心具体列的值…...

编程日记 2025/9/7 19:16:13

理想汽车MindVLA自动驾驶架构核心技术梳理

理想汽车于2025年3月发布的MindVLA自动驾驶架构，通过整合视觉、语言与行为智能，重新定义了自动驾驶系统的技术范式。以下是其核心技术实现的详细梳理： 一、架构设计：三位一体的智能融合 VLA统一模型架构 MindVLA并非简单的端到端模…...

编程日记 2025/9/2 18:34:08

基于FPGA的智能垃圾桶设计-超声波测距模块-人体感应模块-舵机模块仿真通过

基于FPGA的智能垃圾桶设计前言一、整体方案二、仿真波形总结前言在FPGA开发平台中搭建完整的硬件控制系统，集成超声波测距模块、人体感应电路、舵机驱动模块及报警单元。在感知层配置阶段，优化超声波回波信号调理电路与人体感应防误触逻辑&#xff0…...

编程日记 2025/9/1 13:44:35

[极客大挑战 2019]Upload

编程日记 2025/8/17 19:12:29

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