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ATAC-seq分析：Annotating Peaks（9）

news 来源：原创 2024/4/26 19:53:45

1. 注释开放区域

将已识别的无核小体区域与基因组特征（如基因和增强子）相关联通常很有趣。

一旦注释到基因或增强子的基因，我们就可以开始将 ATACseq 数据与这些基因的特征相关联。 （功能注释、表达变化、其他表观遗传状态）。

2. 基因注释

将无核小体区域注释到基因的一种简单方法是将区域与其最近的基因或在基因转录起始位点周围的窗口内相关联。我们可以使用 chipseeker 库来识别最接近我们区域的基因，并为我们提供此注释的简单摘要和可视化。

我们使用来自 TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene 的基因模型并将其提供给 ChIPseeker 包 annotatePeak 函数。

ChIPseeker 的 csAnno 对象随后将显示基因组区域中峰值百分比的细分。

library(ChIPseeker)
library(TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene)
MacsCalls_Anno <- annotatePeak(MacsCalls, TxDb = TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene)
alt
MacsCalls_Anno
alt

3. 注释分布

除了向我们展示注释分布表之外，我们还可以使用 plotAnnoPie 和 plotAnnoBar 函数将其可视化。

plotAnnoPie(MacsCalls_Anno)
alt

4. 注释无核小体区域

有了这些信息，我们就可以将我们的 peaks/nuc 自由区域子集化为那些只在 TSS 区域着陆的区域 (+/- 500)。

MacsGR_Anno <- as.GRanges(MacsCalls_Anno)
MacsGR_TSS <- MacsGR_Anno[abs(MacsGR_Anno$distanceToTSS) < 500]
MacsGR_TSS[1, ]
alt

5. 无核小体区域功能分析

ATACseq 分析的另一个常见步骤是识别与无核小体区域相关的基因中的任何功能富集。

一种方法是采用我们从 ChIPseeker 中鉴定为具有无核小体区域的基因，并使用 GOseq 等标准工具测试这些基因的功能富集。我们可以使用 submitGreatJob 函数将峰值调用提交给 GREAT，并使用 availableCategories 查看可用的结果类别。

library(rGREAT)
great_Job <- submitGreatJob(MacsCalls, species = "hg19")
availableCategories(great_Job)
alt

对于此示例，我们使用 getEnrichmentTables 函数选择 GO 类别的结果表，然后查看生物过程的结果。

great_ResultTable = getEnrichmentTables(great_Job, category = "GO")
names(great_ResultTable)
alt
great_ResultTable[["GO Biological Process"]][1:4, ]
alt

本文由 mdnice 多平台发布

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编程日记 2024/4/22 4:16:32

关于OSPF报文学习

目录 一.OSPF学习补充 &#xff08;1&#xff09;OSPF报文头部 &#xff08;2&#xff09;ospf建立邻居关系 1.Hello报文——建立邻居关系 2.hello报文头部 &#xff08;3&#xff09;OSPF建立邻接关系 1.发送DD报文 2.DD报文头部 &#xff08;4&#xff09;关于DR,BD…...

编程日记 2024/4/27 13:04:10

ios CI/CD 持续集成 组件化专题三 IOS打包Bundle与加载Bundle中的图片

一、 读取 BundlePath (NSString *)sdkPodsBundlePath { NSBundle *bundle [NSBundle bundleForClass:[self class]]; NSString *bundlePath [bundle pathForResource:kSDKName ofType:"bundle"]; return bundlePath; } 二 、读取bundle (NSBundle *)sdkBundle {…...

编程日记 2024/4/26 21:13:57

快速构建Spring boot项目

1、Idea里新建项目 2、创建HelloController 3、运行 4、开发环境热部署 pom.xml 查看目前已有的依赖 配置properties 设置 ctrlshiftalt/ 新版本的compiler.automake.allow.when.app.running已经不在registry里面了&#xff0c;在settings里面的Advanced settings里面Allow au…...

编程日记 2024/4/26 12:24:17

如何通过cURL库实现远程控制插座

如何通过cURL库实现远程控制插座呢&#xff1f; 本文描述了使用cURL库调用HTTP接口&#xff0c;实现控制插座&#xff0c;即插即用&#xff0c;先插入插座&#xff0c;再接电器&#xff0c;实现远程控制。 可选用产品&#xff1a;可根据实际场景需求&#xff0c;选择对应的规格…...

编程日记 2024/4/26 4:04:05

iOS 内存泄漏问题总结

参考文章1&#xff1a;xcode8 使用Instruments检测定位并解决iOS内存泄露 参考文章2&#xff1a;iOS 出现内存泄漏的几种原因...

编程日记 2024/4/26 15:11:48

解压RPM包---rpm2cpiocpio的使用

RPM包括是使用cpio格式打包的&#xff0c;因此可以先转成cpio然后解压&#xff0c;如下所示&#xff1a; rpm2cpio xxx.rpm | cpio -div...

编程日记 2024/4/27 2:57:33