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2025.04.14【Table】| 生信数据表图技巧

news 来源：原创 2025/9/5 22:19:27

Table

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A set of examples showing how to customize the titles of a
table made with GT

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How to customize the footer and the references section of a
gt table

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文章目录

- - Custom title
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- 生信数据可视化：Table图表详解
- - 1. R语言中的表格创建基础
  - - 1.1 创建一个简单的数据框
    - 1.2 使用tibble创建数据框
  - 2. 使用kableExtra创建美化的表格
  - - 2.1 安装和加载kableExtra
    - 2.2 创建一个美化的表格
  - 3. 使用gt包创建复杂的表格
  - - 3.1 安装和加载gt
    - 3.2 创建一个复杂的表格
  - 4. 使用reactable创建交互式表格
  - - 4.1 安装和加载reactable
    - 4.2 创建一个交互式表格
  - 5. 使用DT包创建动态表格
  - - 5.1 安装和加载DT
    - 5.2 创建一个动态表格
  - 6. 结合多个包进行高级表格操作
  - - 6.1 结合kableExtra和DT
  - 结语

生信数据可视化：Table图表详解

在生物信息学领域，数据的可视化至关重要，而表格作为一种直观展示复杂数据的工具，扮演着不可或缺的角色。R语言以其在表格创建和操作方面的卓越性能而闻名，提供了多种包如kableExtra、gt、reactable和DT，这些包不仅功能丰富，而且适用于不同的数据类型和可视化目标。本博客旨在通过丰富的示例，指导你如何根据不同的数据和需求选择合适的表格创建策略。从基础的表格样式到高级的交互式表格，我们将探讨如何利用R语言的强大功能，将数据以清晰、有组织的方式呈现，以便于理解和分析。通过这些示例，即使是初学者也能快速上手，有效地利用R语言进行生物信息数据的表格化展示。

1. R语言中的表格创建基础

在R语言中，创建表格的基础是使用data.frame或者tibble。这两种数据结构都可以存储表格数据，其中tibble是data.frame的一个现代化替代品，提供了更好的打印和子集操作。

1.1 创建一个简单的数据框


# 创建一个简单的数据框
df <- data.frame(Sample = c("Sample1", "Sample2", "Sample3"),Gene1 = c(10, 20, 30),Gene2 = c(15, 25, 35)
)# 打印数据框
print(df)

这段代码创建了一个包含样本名称和两个基因表达值的数据框，并将其打印出来。

1.2 使用tibble创建数据框


# 加载tibble包
library(tibble)# 使用tibble创建数据框
df_tibble <- tibble(Sample = c("Sample1", "Sample2", "Sample3"),Gene1 = c(10, 20, 30),Gene2 = c(15, 25, 35)
)# 打印tibble数据框
print(df_tibble)

tibble提供了更友好的打印输出，特别是在处理大型数据集时。

2. 使用kableExtra创建美化的表格

kableExtra是一个强大的包，可以与knitr和kable一起使用，以创建美观的表格。

2.1 安装和加载kableExtra


# 安装kableExtra包
install.packages("kableExtra")# 加载kableExtra包
library(kableExtra)

2.2 创建一个美化的表格


# 使用kable创建一个基本的表格
kable_df <- kable(df, format = "html") %>%kable_styling(bootstrap_options = c("striped", "hover"))# 打印美化后的表格
print(kable_df)

这段代码将创建一个带有条纹和悬停效果的HTML表格。

3. 使用gt包创建复杂的表格

gt是一个现代的、灵活的表格创建包，它允许高度定制化的表格设计。

3.1 安装和加载gt


# 安装gt包
install.packages("gt")# 加载gt包
library(gt)

3.2 创建一个复杂的表格


# 使用gt创建一个复杂的表格
gt_table <- gt(df) %>%tab_options(Table.Theme = gttheme_minimal(),Table.Footnote.font.size = px(10)) %>%fmt_number(columns = everything(),decimals = 2)# 打印复杂的表格
print(gt_table)

这段代码创建了一个具有最小主题和数字格式化的表格。

4. 使用reactable创建交互式表格

reactable是一个用于创建交互式HTML表格的包。

4.1 安装和加载reactable


# 安装reactable包
install.packages("reactable")# 加载reactable包
library(reactable)

4.2 创建一个交互式表格


# 使用reactable创建一个交互式表格
react_table <- reactable(df, default_col_def = col_def(align = "center"))# 打印交互式表格
print(react_table)

这段代码创建了一个居中对齐的交互式表格。

5. 使用DT包创建动态表格

DT是一个用于创建动态HTML表格的包，它允许用户与表格进行交互。

5.1 安装和加载DT


# 安装DT包
install.packages("DT")# 加载DT包
library(DT)

5.2 创建一个动态表格


# 使用DT创建一个动态表格
dt_table <- datatable(df)# 打印动态表格
print(dt_table)

这段代码创建了一个可以排序和搜索的动态表格。

6. 结合多个包进行高级表格操作

在实际应用中，我们可能需要结合多个包来实现更复杂的表格操作。

6.1 结合kableExtra和DT


# 结合kableExtra和DT创建一个美化且动态的表格
kable_dt <- kable(df, format = "html") %>%kable_styling(bootstrap_options = c("striped", "hover")) %>%add_header_above(c(" " = 1, "Gene Expression" = c("Gene1", "Gene2"))) %>%DT::datatable(options = list(pageLength = 5))# 打印美化且动态的表格
print(kable_dt)

这段代码创建了一个具有额外表头和分页功能的美化且动态的表格。

结语

通过上述内容，我们学习了如何在R语言中使用不同的包来创建和操作表格。从基础的数据框操作到高级的交互式和动态表格，R语言提供了强大的工具来满足各种数据可视化需求。希望这篇文章能帮助你更好地理解和应用R语言在生物信息学数据可视化中的强大功能。

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生信数据可视化：Table图表详解

1. R语言中的表格创建基础

1.1 创建一个简单的数据框

1.2 使用tibble创建数据框

2. 使用kableExtra创建美化的表格

2.1 安装和加载kableExtra

2.2 创建一个美化的表格

3. 使用gt包创建复杂的表格

3.1 安装和加载gt

3.2 创建一个复杂的表格

4. 使用reactable创建交互式表格

4.1 安装和加载reactable

4.2 创建一个交互式表格

5. 使用DT包创建动态表格

5.1 安装和加载DT

5.2 创建一个动态表格

6. 结合多个包进行高级表格操作

6.1 结合kableExtra和DT

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