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RFdiffusion ContigMap类初始化方法解读

news 来源：原创 2025/7/14 13:53:02

功能概述

__init__ 方法是 ContigMap 类的初始化函数，其核心任务是构建和管理一个蛋白质序列和结构的映射系统，处理用户提供的输入数据（如片段信息、参考序列、掩码等），并生成内部所需的各种索引和映射，以便在蛋白质设计中有效地定义、解析和操作不同区域的结构和序列。

源代码：

    def __init__(self,parsed_pdb,contigs=None,inpaint_seq=None,inpaint_str=None,length=None,ref_idx=None,hal_idx=None,idx_rf=None,inpaint_seq_tensor=None,inpaint_str_tensor=None,topo=False,provide_seq=None,inpaint_str_strand=None,inpaint_str_helix=None,inpaint_str_loop=None):# sanity checksif contigs is None and ref_idx is None:sys.exit("Must either specify a contig string or precise mapping")if idx_rf is not None or hal_idx is not None or ref_idx is not None:if idx_rf is None or hal_idx is None or ref_idx is None:sys.exit("If you're specifying specific contig mappings, the reference and output positions must be specified, AND the indexing for RoseTTAFold (idx_rf)")self.chain_order = "ABCDEFGHIJKLMNOPQRSTUVWXYZ"if length is not None:if "-" not in length:self.length = [int(length), int(length) + 1]else:self.length = [int(length.split("-")[0]), int(length.split("-")[1]) + 1]else:self.length = Noneself.ref_idx = ref_idxself.hal_idx = hal_idxself.idx_rf = idx_rfparse_inpaint = lambda x: "/".join(x).split("/") if x is not None else Noneself.inpaint_seq = parse_inpaint(inpaint_seq)self.inpaint_str = parse_inpaint(inpaint_str)self.inpaint_str_helix=parse_inpaint(inpaint_str_helix)self.inpaint_str_strand=parse_inpaint(inpaint_str_strand)self.inpaint_str_loop=parse_inpaint(inpaint_str_loop)self.inpaint_seq_tensor = inpaint_seq_tensorself.inpaint_str_tensor = inpaint_str_tensorself.parsed_pdb = parsed_pdbself.topo = topoif ref_idx is None:# using default contig generation, which outputs in rosetta-like formatself.contigs = contigs(self.sampled_mask,self.contig_length,self.n_inpaint_chains,) = self.get_sampled_mask()self.receptor_chain = self.chain_order[self.n_inpaint_chains](self.receptor,self.receptor_hal,self.receptor_rf,self.inpaint,self.inpaint_hal,

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