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interfaceResidue：一款用于分析蛋白复合物“接触界面残基”的pymol插件

news 来源：原创 2025/9/15 14:46:37

当我们使用AF3或其他结构预测工具获得蛋白复合物后，逃不掉的一步就是分析接触界面的残基互作，而分析互作的前提是要准确地识别出接触界面上的残基有哪些，如果手动找则太耗费精力而且也容易遗漏。本期向大家安利的这样一款pymol插件（即interfaceResidue）可以快速找出界面残基。

该插件使用溶剂可接触面积变化 (dASA) 来识别蛋白复合物中两个链之间的相互作用残基，比简单的距离法更准确。

下面进入实操环节：

下载插件

地址：https://pymolwiki.org/index.php/InterfaceResidues

你也可以在同名公主号后台回复：“250408” 自取

下载到本地的文件是个python脚本，即interfaceResidues.py

启动插件

在pymol的命令窗口输入如下命令并回车：

run F:\test\InterfaceResidues.py

F:\test\是脚本所在路径。

Image

解决实际的case

在pymol中我们首先打开复合物的文件。

Image

该复合物中包含两条链，链名分别为I和J。
在命令窗口输入如下命令：

interfaceResidues("1qox", cA="c. I", cB="c. J", cutoff=0.75, selName="foundIn1QOX")

命令含义解释：

  • • interfaceResidues() 是函数名;

  • • 1qox 是导入pymol后的复合物名称；

  • • cA="c. I" 你只需要更改双引号内的内容。在引号内c. 不必改动, I表示其中一条链的ID号；

  • • cB="c. J" 你只需要更改双引号内的内容。在引号内c. 不必改动, J表示另外一条链的ID号；

  • • cutoff=0.75 溶剂可接触面积差值阈值为0.75埃，如无特殊需求此数值则无需改动。

  • • selName="foundIn1QOX" 接触界面残基被group到一个object中，此object的名称为foundIn1QOX

Image

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