当前位置：首页 > news >正文

单细胞-第四节多样本数据分析,下游画图

news 来源：原创 2025/5/21 22:29:07

文件在单细胞\5_GC_py\1_single_cell\2_plots.Rmd

1.细胞数量条形图

rm(list = ls())
library(Seurat)
load("seu.obj.Rdata")dat = as.data.frame(table(Idents(seu.obj)))
dat$label = paste(dat$Var1,dat$Freq,sep = ":")
head(dat)
library(ggplot2)
library(paletteer)
#View(palettes_d_names)
ggplot(dat,aes(x = Freq,fill = Var1,y = Var1))+scale_fill_paletteer_d("ggsci::category20_d3")+geom_bar(stat = "identity")+theme_bw()+geom_text(aes(x = 0,label = label),hjust = 0)+theme(axis.text.y = element_blank(),   # 隐藏纵坐标刻度文字axis.ticks.y = element_blank(),axis.title.y = element_blank())  # 隐藏纵坐标刻度线

在这里插入图片描述

2.细胞比例条形图

seu.obj$seurat_annotation = seu.obj@active.ident
ggplot(seu.obj@meta.data,aes(orig.ident,fill = seurat_annotation))+geom_bar(position = "fill", alpha = 0.9,width = 0.5)+scale_fill_paletteer_d("ggsci::category20_d3")+theme_classic()+coord_flip()+coord_fixed(ratio = 4) #纵轴长度是横轴的4倍

在这里插入图片描述

3.小提琴图

load("markers.Rdata")
library(tidyverse)
g = allmarkers %>% group_by(cluster) %>% top_n(1,wt = avg_log2FC) %>% pull(gene)m = as.matrix(seu.obj@assays$RNA@layers$data)
rownames(m) = Features(seu.obj)
colnames(m) = Cells(seu.obj)
vln.df <- m %>%t() %>%as.data.frame()%>%select(g) %>% rownames_to_column("CB") %>% mutate(cluster = seu.obj$seurat_annotation)%>%pivot_longer(cols = 2:(ncol(.)-1),#宽边长names_to = "gene",values_to = "exp") %>% mutate(gene = factor(gene,levels = g))
head(vln.df)

# 自定义颜色
library(paletteer)
my_color = paletteer_d(`"ggsci::category20_d3"`)
my_color = colorRampPalette(my_color)(length(unique(vln.df$cluster)))
# 画图
p1 <- ggplot(vln.df,aes(exp,cluster),color=factor(cluster))+geom_violin(aes(fill=cluster),scale = "width")+scale_fill_manual(values = my_color)+facet_grid(.~gene,scales = "free_y", switch = "x")+scale_x_continuous(expand = c(0,0),position = "top")+theme_bw()+theme(panel.grid = element_blank(),axis.title.x.top = element_blank(),#axis.ticks.x.bottom = element_blank(),axis.text.x.top= element_text(hjust = 1,vjust = NULL,color = "black",size = 7),#axis.title.y.left = element_blank(),#axis.ticks.y.left = element_blank(),#axis.text.y.left = element_blank(),legend.position = "none",panel.spacing.y = unit(0, "cm"),strip.text.y = element_text(angle=0,size = 14,hjust = 0),strip.background.y = element_blank())
p1

在这里插入图片描述

4.气泡图

g = allmarkers %>% group_by(cluster) %>% top_n(5,wt = avg_log2FC) %>% pull(gene) %>% unique()
DotPlot(seu.obj,features = g,cols = "RdYlBu")+RotatedAxis()

在这里插入图片描述

5.GC基因韦恩图

f = read.delim("gcgene.txt",header = F)
k = allmarkers$p_val_adj<0.05 & allmarkers$avg_log2FC>2
table(k)
g = intersect(allmarkers$gene[k],f$V1)
save(g,file = "g.Rdata")
library(tinyarray)
draw_venn(list(pyroptosis = f$V1,marker = unique(allmarkers$gene[k])),"")
ggsave("venn.png")

在这里插入图片描述

m = as.matrix(seu.obj@assays$RNA@layers$data)
rownames(m) = Features(seu.obj)
colnames(m) = Cells(seu.obj)
m = m[g,]
ac = data.frame(row.names = colnames(m),celltype = Idents(seu.obj))
library(dplyr)
ac = arrange(ac,celltype)
m = m[,rownames(ac)]
pheatmap::pheatmap(m,show_colnames = F,cluster_cols = F,cluster_rows = F,scale = "row",breaks = seq(-1.6,3,length.out = 100),annotation_col = ac)

在这里插入图片描述

6.差异焦亡基因富集分析

e = quick_enrich(g,destdir = tempdir())
e[[4]]+e[[3]]

在这里插入图片描述

单细胞-第四节多样本数据分析,下游画图

文件在单细胞\5_GC_py\1_single_cell\2_plots.Rmd 1.细胞数量条形图 rm(list ls()) library(Seurat) load("seu.obj.Rdata")dat as.data.frame(table(Idents(seu.obj))) dat$label paste(dat$Var1,dat$Freq,sep ":") head(dat) library(ggplot2) lib…...

编程日记 2025/5/21 22:29:07

【2024年华为OD机试】(B卷,100分)- 热点网站统计（Java JS PythonC/C++）

一、问题描述题目描述企业路由器的统计页面需要动态统计公司访问最多的网页URL的Top N。设计一个算法，能够高效动态统计Top N的页面。输入描述每一行都是一个URL或一个数字： 如果是URL，代表一段时间内的网页访问。如果是数字N&#…...

编程日记 2025/5/21 10:16:04

脚本运行禁止：npm 无法加载文件，因为在此系统上禁止运行脚本

问题与处理策略 1、问题描述 npm install -D tailwindcss执行上述指令，报如下错误 npm : 无法加载文件 D:\nodejs\npm.ps1，因为在此系统上禁止运行脚本。有关详细信息，请参阅 https:/go.microsoft.com/fwlink/?LinkID135170 中的 about_…...

编程日记 2025/5/21 21:35:44

AI软件栈：LLVM分析（一）

文章目录 AI 软件栈后端编译LLVM IRLLVM的相关子项目AI 软件栈后端编译 AI软件栈的后端工作通常与硬件架构直接相关，为了实现一个既能适配现代编程语言、硬件架构发展的目标，所以提出了LLVM具备多阶段优化能力提供基础后端描述，便于进行编译器开发兼容标准编译器的行为LLVM …...

编程日记 2025/5/21 19:26:35

【Elasticsearch】 Intervals Query

Elasticsearch Intervals Query 返回基于匹配术语的顺序和接近度的文档。 intervals 查询使用匹配规则，这些规则由一小组定义构建而成。这些规则然后应用于指定 field 中的术语。这些定义生成覆盖文本中术语的最小间隔序列。这些间隔可以进一步由父源组合和过滤…...

编程日记 2025/5/21 7:34:22

Ansys Maxwell：采用对称性的双转子轴向磁通电机

轴向磁通电机因其功率密度高于相同重量的传统径向磁通电机而变得非常受欢迎，并且在电动汽车和航空应用中非常高效且具有成本效益。功率密度是输出功率与机器体积的比率。对于给定尺寸的机器，轴向磁通电机提供更大的扭矩和功率，或者对于给定的…...

编程日记 2025/5/21 21:24:57

你的连接不是专用连接

当你打开网站看到如下提示，说明SSL证书到期了。攻击者可能试图www窃取你的信息（例如、密码、消息或信用卡）。详细了解此警告 NET::ERR_CERT_DATE_INVALID 此服务器无法证明它是WWW ;它的安全证书已于2天前到期。这可能是错误配置或攻击者…...

编程日记 2025/5/21 22:21:15

CSS核心

CSS的引入方式内部样式表是在 html 页面内部写一个 style 标签，在标签内部编写 CSS 代码控制整个 HTML 页面的样式。<style> 标签理论上可以放在 HTML 文档的任何地方，但一般会放在文档的 <head> 标签中。 <style> div { color: r…...

编程日记 2025/5/21 21:46:16

AI常见的算法和例子

人工智能（AI）中常见的算法分为多个领域，如机器学习、深度学习、强化学习、自然语言处理和计算机视觉等。以下是一些常见的算法及其用途： 例子代码：纠结哥/pytorch_learn 1. 机器学习 (Machine Learning) 监督学习 (S…...

编程日记 2025/5/21 21:43:24

无公网IP 外网访问本地部署夫人 hello-algo

hello-algo 是一个为帮助编程爱好者系统地学习数据结构和算法的开源项目。这款项目通过多种创新的方式，为学习者提供了一个直观、互动的学习平台。本文将详细的介绍如何利用 Docker 在本地安装部署 hello-algo，并结合路由侠内网穿透实现外网访问本地部署…...

编程日记 2025/5/21 21:38:31

【QT】控件 -- 显示类

🔥 目录 [TOC]( 🔥 目录) 1. 前言 2. 显示类控件2.1 Label 1、显示不同文本2、显示图片3、文本对齐、自动换行、缩进、边距4、设置伙伴 3.2 LCD Number 3.3 ProgressBar 3.4 Calendar Widget 3. 共勉 🔥 1. 前言之前我在上一篇文章【QT】…...

编程日记 2025/5/21 13:13:43

AI语言模型竞争加剧：新秀崛起格局生变

标题：AI语言模型竞争加剧：新秀崛起格局生变文章信息摘要： AI语言模型领域呈现加速发展和分化态势。在LMSYS排行榜上，Claude 3 Opus超越GPT-4 Turbo，DBRX超越Mixtral成为最佳开源模型，显示领先位置更替频…...

编程日记 2025/5/21 10:29:51

RK3568使用opencv（使用摄像头捕获图像数据显示）

文章目录一、opencv相关的类1. **cv::VideoCapture**2. **cv::Mat**3. **cv::cvtColor**4. **QImage**5. **QPixmap**总结二、代码实现一、opencv相关的类 1. cv::VideoCapture cv::VideoCapture 是 OpenCV 中用于视频捕捉的类，常用于从摄像头、视频文件、或者…...

编程日记 2025/5/18 0:59:14

leetcode——排序链表（java）

给你链表的头结点 head ，请将其按升序排列并返回排序后的链表。示例 1： 输入：head [4,2,1,3] 输出：[1,2,3,4] 示例 2： 输入：head [-1,5,3,4,0] 输出：[-1,0,3,4,5] 示例 3： …...

编程日记 2025/5/21 21:46:16

Windows安装Miniconda和PySide6以及配置PyCharm

目录 1. 选择Miniconda 2. 下载Miniconda 3. 安装Miniconda 4. 在base环境下创建pyside6环境 5. 安装pyside6环境 6. 配置PyCharm环境 7. 运行第一个程序效果 1. 选择Miniconda 选择Miniconda而没有选择Anaconda，是因为它是一个更小的Anaconda发行版&#x…...

编程日记 2025/5/18 11:57:40

floodfill算法（6题）

本质就是找出性质相似的连通块目录 1.图像渲染 2.岛屿数量 3.岛屿的最大面积 4.被围绕的区域 5.太平洋大西洋水流问题 6.扫雷游戏 1.图像渲染 733. 图像渲染 - 力扣（LeetCode） 我们使用深度优先遍历去遍历即可，也不需要返回值。值得…...

编程日记 2025/5/21 21:52:00

Spring集成Redis｜通用Redis工具类

一、基础使用概述在SpringBoot中一般使用RedisTemplate提供的方法来操作Redis。那么使用SpringBoot整合Redis需要那些步骤呢。 1、 JedisPoolConfig (这个是配置连接池) 2、 RedisConnectionFactory 这个是配置连接信息，这里的RedisConnectionFactory是一个接 …...

编程日记 2025/5/21 22:24:23

python：洛伦兹变换

洛伦兹变换（Lorentz transformations）是相对论中的一个重要概念，特别是在讨论时空的变换时非常重要。在四维时空的背景下，洛伦兹变换描述了在不同惯性参考系之间如何变换时间和空间坐标。在狭义相对论中，洛伦兹变换通常…...

编程日记 2025/5/21 21:54:46

题单：插入排序

题目描述给定 n 个元素的数组（下标从1开始计），请使用插入排序对其进行排序（升序）。输入格式两行，第一行为一个整数 n，表示元素的个数。第二行 n 个空格分隔的整数，表示数组的…...

编程日记 2025/5/21 19:01:36

【Spring】Spring启示录

目录前言一、示例程序二、OCP开闭原则三、依赖倒置原则DIP 四、控制反转IOC 总结前言在软件开发的世界里，随着项目的增长和需求的变化，如何保持代码的灵活性、可维护性和扩展性成为了每个开发者必须面对的问题。传统的面向过程或基于类的设计…...

编程日记 2025/5/16 21:58:27

【Numpy核心编程攻略：Python数据处理、分析详解与科学计算】1.30 性能巅峰：NumPy代码优化全攻略

1.30 性能巅峰：NumPy代码优化全攻略目录 #mermaid-svg-CMVXy3CN2tNmW8RJ {font-family:"trebuchet ms",verdana,arial,sans-serif;font-size:16px;fill:#333;}#mermaid-svg-CMVXy3CN2tNmW8RJ .error-icon{fill:#552222;}#mermaid-svg-CMVXy3CN2tNmW8RJ …...

编程日记 2025/5/18 1:15:13

C#方法(练习)

1.定义一个函数，输入三个值,找出三个数中的最小值 2.定义一个函数，输入三个值,找出三个数中的最大值 3.定义一个函数，输入三个值,找出三个数中的平均值 4.定义一个函数，计算一个数的 N 次方 Pow(2, 3)返回8 5.传入十一…...

编程日记 2025/5/20 14:34:17

Node.js 的底层原理

Node.js 的底层原理 1. 事件驱动和非阻塞 I/O Node.js 基于 Chrome V8 引擎，使用 JavaScript 作为开发语言。它采用事件驱动和非阻塞 I/O 模型，使其轻量且高效。通过 libuv 库实现跨平台的异步 I/O，包括文件操作、网络请求等。 2. 单线程事…...

编程日记 2025/5/20 8:31:14

react native在windows环境搭建并使用脚手架新建工程

截止到2024-1-11，使用的主要软件的版本如下： 软件实体版本react-native0.77.0react18.3.1react-native-community/cli15.0.1Android Studio2022.3.1 Patch3Android SDKAndroid SDK Platform 34 35Android SDKAndroid SDK Tools 34 35Android SDKIntel x…...

编程日记 2025/5/21 2:56:36

实战：如何快速让新网站被百度收录？

本文来自：百万收录网原文链接：https://www.baiwanshoulu.com/22.html 要让新网站快速被百度收录，可以采取以下实战策略： 一、网站基础优化网站结构清晰：确保网站的结构简洁清晰，符合百度的抓取规则。主…...

编程日记 2025/5/19 5:16:30

Nuxt：利用public-ip这个npm包来获取公网IP

目录一、安装public-ip包1.在Vue组件中使用2.在Nuxt.js插件中使用public-ip 一、安装public-ip包 npm install public-ip1.在Vue组件中使用你可以在Nuxt.js的任意组件或者插件中使用public-ip来获取公网IP。下面是在一个Vue组件中如何使用它的例子： <template…...

编程日记 2025/5/18 22:24:56

572. 另一棵树的子树

前导题：100. 相同的树回顾一下判断两棵二叉树相同，根结点相同且左子树相同且右子树相同。于是判断如下： 根结点都为null，返回true根结点不都为null，返回false根结点都不为null，但是值不相同&#…...

编程日记 2025/5/21 6:27:37

LLMs之WebRAG：STORM/Co-STORM的简介、安装和使用方法、案例应用之详细攻略

LLMs之WebRAG：STORM/Co-STORM的简介、安装和使用方法、案例应用之详细攻略目录 STORM系统简介 1、Co-STORM 2、更新新闻 STORM系统安装和使用方法 1、安装 pip安装直接克隆GitHub仓库 2、模型和数据集两个数据集 FreshWiki数据集 WildSeek数据集支持…...

编程日记 2025/5/20 9:33:45

菜鸟之路Day11-12一一集合进阶（四）

菜鸟之路Day11-12一一集合进阶（四） 作者：blue 时间：2025.1.29-1.30 文章目录菜鸟之路Day11-12一一集合进阶（四）0.概述1.可变参数2.Collections3.综合练习4.不可变的集合5.Stream流 0.概述内容学习自黑…...

编程日记 2025/5/21 9:32:20

在Ubuntu下编译VLC

参考链接： https://blog.csdn.net/zyhse/article/details/113662686...

编程日记 2025/5/18 17:34:24

python开发，最好的环境是什么

目录 1. 集成开发环境（IDE） 1.1 PyCharm 1.2 Visual Studio Code (VSCode) 2. 文本编辑器 2.1 Sublime Text 2.2 Vim/NeoVim 3. 虚拟环境管理 4. 版本控制与协作 5. 容器化开发 6. 项目管理与依赖管理工具 7. 单元测试与调试最佳组合推荐 …...

编程日记 2025/5/20 17:01:00

Maui学习笔记- SQLite简单使用案例02添加详情页

我们继续上一个案例，实现一个可以修改当前用户信息功能。当用户点击某个信息时，跳转到信息详情页，然后可以点击编辑按钮导航到编辑页面。创建项目我们首先在ViewModels目录下创建UserDetailViewModel。实现从详情信息页面导航到编辑页面…...

编程日记 2025/5/19 17:54:01

创建前端项目的方法

目录一、创建前端项目的方法 1.前提：安装Vue CLI 2.方式一：vue create项目名称 3.方式二：vue ui 二、Vue项目结构三、修改Vue项目端口号的方法一、创建前端项目的方法 1.前提：安装Vue CLI npm i vue/cli -g 2.方式一&…...

编程日记 2025/5/18 13:13:31

好用的AI/解析网站

文件解析 json文件解析：http://www.yunjson.com/jsoncheck/...

编程日记 2025/5/21 11:57:06

C语言练习（31）

有5个学生，每个学生有3门课程的成绩，从键盘输入以上数据（包括学号、姓名、3门课程成绩），计算出平均成绩，将原有数据和计算出的平均分数存放在磁盘文件stud中。设5名学生的学号、姓名和3门课程成绩如下&am…...

编程日记 2025/5/18 4:05:10

《深入浅出HTTPS》读书笔记（31）：HTTPS和TLS/SSL

《深入浅出HTTPS》读书笔记（31）：HTTPS和TLS/SSL TLS/SSL协议和应用层协议无关，它只是加密应用层协议（比如HTTP）并传递给下层的TCP。 HTTP和TLS/SSL协议组合在一起就是HTTPS, HTTPS等…...

编程日记 2025/5/17 9:19:43

SpringBoot AOP 和事务

SpringBoot 整合 AOP 动态代理技术 JDK 动态代理 JDK 动态代理是 Java 自带的一种代理方式。它要求目标类必须有接口，基于这个接口，JDK 在运行时会动态生成一个代理对象。这个代理对象和目标对象就像 “拜把子” 的兄弟，因为它们都实现了相同…...

编程日记 2025/5/21 0:33:29

如何使用Python调用大语言模型的API接口？

以下是使用 Python 调用几种常见大语言模型 API 接口的详细步骤和示例代码： 1. 调用 OpenAI 的 GPT 模型 API OpenAI 提供了强大的 GPT 系列模型，使用其 API 需要先注册 OpenAI 账号并获取 API 密钥。步骤： 安装openai库：pip…...

编程日记 2025/5/20 13:22:10

如何监控ubuntu系统某个程序的运行状态，如果程序出现异常，对其自动重启。

在Ubuntu系统中，可以通过编写脚本结合cron或systemd来监控程序的运行状态，并在程序异常时自动重启。以下是具体步骤： 方法一：使用Shell脚本和Cron 编写监控脚本创建一个Shell脚本来检查程序是否运行，并在程序异常时重…...

编程日记 2025/5/21 22:17:43

Kafka 压缩算法详细介绍

文章目录一、Kafka 压缩算法概述二、Kafka 压缩的作用2.1 降低网络带宽消耗2.2 提高 Kafka 生产者和消费者吞吐量2.3 减少 Kafka 磁盘存储占用2.4 减少 Kafka Broker 负载2.5 降低跨数据中心同步成本三、Kafka 压缩的原理3.1 Kafka 压缩的基本原理3.2. Kafka 压缩的工作流程…...

编程日记 2025/5/19 17:21:58

启元世界（Inspir.ai）技术浅析（二）：深度强化学习

深度强化学习（Deep Reinforcement Learning, DRL）是启元世界在人工智能领域的一项核心技术，广泛应用于游戏AI、智能决策等领域。一、状态（State） 1.1 概念与作用 **状态（State）**是指智能体对环境的感知，是智能体进行决策的基础。在深度强化学习中，状态通常是一个高…...

编程日记 2025/5/19 10:40:58

在K8s中部署动态nfs存储provisioner

背景之前，我已经在一台worker node上安装了local lvm 的provisioner来模拟需要本地高IOPS的数据库等stafeful应用的实现。为了后续给虚拟机里的K8s集群安装可用的metrics和logs监控系统（metrics和logs的时序数据库需要永久存储）&#xff0…...

编程日记 2025/5/19 18:53:19

SQL注入漏洞之绕过[前端服务端 waf]限制以及防御手法一篇文章给你搞定

目录绕过手法前端代码绕过后端代码绕过各种字段进行验证 union 大小写绕过双写逃过强制类型判断引号特殊编码处理。内联注释绕过注释符绕过 or/and绕过空格绕过防御SQL注入的方法使用预编译语句使用存储过程检查数据类型绕过手法前端代码绕过…...

编程日记 2025/5/21 1:21:40

C++ 写一个简单的加减法计算器

************* C topic：结构 ************* Structure is a very intersting issue. I really dont like concepts as it is boring. I would like to cases instead. If I want to learn something, donot hesitate to make shits. Like building a house. Wh…...

编程日记 2025/5/16 17:44:11

Effective C++ 规则50：了解 new 和 delete 的合理替换时机

1、背景在 C 中，new 和 delete 是动态分配内存的核心操作符。然而，直接使用它们有时会增加程序的复杂性，甚至导致内存泄漏和其他问题。因此，了解何时替换 new 和 delete 并选择更适合的内存管理策略，是编写高效、健壮…...

编程日记 2025/5/18 11:21:08

水果实体店品牌数字化：RWA + 智能体落地方案

一、方案背景随着数字化技术的迅猛发展，实体零售行业正面临前所未有的挑战与机遇。传统的零售模式难以满足消费者对个性化、便捷化、智能化的需求，尤其是在水果等生鲜商品领域，如何通过技术手段提升运营效率、增强顾客体验、拓宽盈利模式&a…...

编程日记 2025/5/18 19:30:43

Docker小游戏 | 使用Docker部署FC-web游戏模拟器

Docker小游戏 | 使用Docker部署FC-web游戏模拟器前言一、项目介绍项目简介项目预览二、系统要求环境要求环境检查Docker版本检查检查操作系统版本三、部署FC-web游戏模拟器下载镜像创建容器检查容器状态检查服务端口安全设置四、访问FC-web游戏模拟器试玩游戏FC游戏的操作方法…...

编程日记 2025/5/16 12:14:00

【视频+图文详解】HTML基础3-html常用标签

图文教程 html常用标签常用标签 1. 文档结构 <!DOCTYPE html>：声明HTML文档类型。<html>：定义HTML文档的根元素。<head>：定义文档头部，包含元数据。<title>：设置网页标题，浏览…...

编程日记 2025/5/18 20:48:14

年化19.3%策略集|ctpbee_api替换成openctp整合backtrader实盘方案（代码+数据）

原创内容第782篇，专注量化投资、个人成长与财富自由。昨天我们把backtraderctpbee的实盘整合代码跑通了，年化19.3%，回撤仅8%的实盘策略，以及backtrader整合CTPBee做实盘（附python代码和数据） 这两周我们加…...

编程日记 2025/5/19 5:18:39

谭浩强C语言程序设计(3) 7章

1、递归实现N的阶乘 c复制 #include <cstdio> // 包含标准输入输出库// 计算n的阶乘 int total 0; // 定义全局变量total用于存储阶乘结果// 递归函数计算阶乘 int fac(int a){// 如果输入的数小于0，输出错误信息if (a < 0){printf("%d < 0,err…...

编程日记 2025/5/19 12:05:53

1.细胞数量条形图

2.细胞比例条形图

3.小提琴图

4.气泡图

5.GC基因韦恩图

6.差异焦亡基因富集分析

相关文章：