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用3D slicer 去掉影像中的干扰体素而还原干净影像（脱敏切脸处理同）

news 来源：原创 2025/8/14 6:19:48

今天遇到一个特殊的影像，扫描被试的头颅被很多干扰阴影快给遮盖住了，3D 建模出来的头颅有很多干扰，非常影响处理和视觉体验，正好解锁一个3D slicer 的功能吧。
背景：有一个被试数据头顶有很多干扰，直接覆盖在头颅核磁影像上非常影响处理和视觉效果
目标：去掉原始数据中的干扰，得到干净的图像。
如下图，头骨周边被很多阴影块覆盖了（预估扫描时没有排除干扰），我想重新得到干净只有头颅的核磁影像。
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步骤：
（1）进入 segment Editor->Add->Threshold->apply->show 3D ->剪刀

如上图，红色框框为阈值调节的方法，上面的是手动阈值，下面红框是自动阈值，我选择的是自动阈值方法。
阈值调节完，就可以Apply，表示把阈值应用到segment_1上，就可以得到如下图的选中，可以看出头颅和大脑都选上了。
注意：如果没选上大脑和头颅，说明低阈值太大了，可以拖动阈值拨杆调节必须要把有效的体素都选中才算可以。
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接着需要查看选中的层的3D效果，就是show 3D，可以在3D窗中看到3D 影像。
还是有很多杂乱的东西包裹着头颅，此时就需要剪刀工具了。
这个剪刀工具很神器，只能在3D 视图中操作，而且做的是立体裁剪，我们需要小心谨慎地用剪刀裁剪掉头颅周边的杂快，可以多做几次，改变视角和方向直到把杂块都剪干净，要是不小心操作错了就得灵活运用 “撤销” 功能，然后继续，直到剪干净。
如下图可以看到修剪前后的变化。
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（2）将修剪干净的segment 保存为labelmap

会发现在 Data模块下多了一个label 文件，请记住文件的名字，这个文件会是生成干净有效数据的模板。

（3）搜索进入 mask scalar volume 模块处理得到干净的影像

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按照如下设置参数，masked volume 是输出体素文件，也是我希望输出的。
设置后，点击Apply, 等待一会儿就会生成目标。

（4）查看输出
可以看出我的输出影像很干净了，没有头顶杂块，3D 模型也很干净，意味着我的杂块已经顺利去除了。
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（5）关于核磁影像的“挖脸”脱敏
根据如上这个步骤来，我觉得脱敏挖掉人脸同理。我们在segment Editor 步骤时，用Erase擦除鼻根到嘴巴那一块，逐层滚动操作，就可以得到没有脸的label，后用作mask 做mask scalar volume 处理，那就可以得到挖脸脱敏图像了。
不得不感叹，3D slicer 好神奇呀~

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