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AF3 generate_chain_data_cache脚本解读

news 来源：原创 2025/8/25 23:38:11

AlphaFold3 generate_chain_data_cache 脚本在源代码的scripts文件夹下。该脚本从指定目录中批量解析 mmCIF/PDB 文件的工具，并将每个链的基本信息（序列、分辨率、是否属于聚类等）提取并写入 JSON 文件，主要用于后续蛋白质建模、过滤或训练数据准备。

源代码：

import argparse
from functools import partial
import json
import logging
from multiprocessing import Pool
import os
import string
from collections import defaultdict
from tqdm import tqdm
from src.data.mmcif_parsing import parse
from src.common import protein, residue_constants
import sys
sys.path.append("../../../Downloads")  # an innocent hack to get this to run from the top leveldef parse_file(f, args,chain_cluster_size_dict
):file_id, ext = os.path.splitext(f)if ext == ".cif":with open(os.path.join(args.data_dir, f), "r") as fp:mmcif_string = fp.read()mmcif = parse(file_id=file_id, mmcif_string=mmcif_string)if mmcif.mmcif_object is None:logging.info(f"Could not parse {f}. Skipping...")return {}else:mmcif = mmcif.mmcif_objectout = {}for chain_id, seq in mmcif.chain_to_seqres.items():full_name = "_".join([file_id, chain_id])out[full_name] = {}local_data = out[full_name]local_data["release_date"] = mmcif.header["release_date"]local_data["seq"] = seqlocal_data["resolution"] = mmcif.header["resolution"]if chain_cluster_size_dict is not None:cluster_size = chain_cluster_size_dict.get(full_name.upper(), -1)local_data["cluster_size"] = cluster_sizeelif ext == ".pdb":with open(os.path.join(args.data_dir, f), "r") as fp:pdb_string = fp.read()protein_object = protein.from_pdb_string(pdb_string, None)aatype = pr

AF3 generate_chain_data_cache脚本解读

AlphaFold3 generate_chain_data_cache 脚本在源代码的scripts文件夹下。该脚本从指定目录中批量解析 mmCIF/PDB 文件的工具，并将每个链的基本信息（序列、分辨率、是否属于聚类等）提取并写入 JSON 文件，主要用于后续蛋白质建模、过滤或训练数据准备。源代码： import ar…...

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Google-A2A协议全面解析：一文掌握Agent-to-Agent协议的核心与应用

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编程日记 2025/8/20 8:39:05

jmeter压测工具出现乱码

然后 prev.setDataEncoding(“utf-8”)...

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编程日记 2025/8/24 7:55:20

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编程日记 2025/8/19 2:48:35

网络编程（UDP）

server:服务器 # import socket # # 传递udp协议参数 # sk socket.socket(typesocket.SOCK_DGRAM) # # # 绑定ip及端口 # sk.bind(("127.0.0.1",8080)) # # print("等待客户端发送消息") # # # 直接发送 # msg,addr sk.recvfrom(1024) # # print(msg.d…...

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常用的 SQL 语句分类整理

以下是常用的 SQL 语句分类整理，覆盖数据查询、操作、表管理和高级功能，适用于大多数关系型数据库（如 MySQL、PostgreSQL、SQL Server）： 目录一、数据查询（DQL） 1. 基础查…...

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标题:《GenFusion: Closing the Loop between Reconstruction and Generation via Videos》来源：西湖大学；慕尼黑工业大学；上海科技大学；香港大学；图宾根大学项目主页：https://genfusion.sibowu.com 文章…...

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jdk 安装

oracle官网 : Java Archive | Oracle 中国 export JAVA_HOME/Users/xxxxx/app/services/x86jdk/jdk1.8.0_431.jdk/Contents/Home export PATH$JAVA_HOME/bin:$PATH 华为镜像网站：Index of java-local/jdk...

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Missashe考研日记-day21 1 专业课408 学习时间：4h学习内容： 今天先把昨天学的内容的课后习题做了，整整75道啊，然后学了OS第二章关于CPU调度部分的内容，这第二章太重要了，以至于每一小节的内容都比较多&am…...

编程日记 2025/8/23 1:49:56

双重路由引入的环路,选路次优的产生以及解决方法

描述在R2,R3上双向引入ospf,以及rip,R5修改静态的优先级为180,在ospf中引入该静态路由路由分析选路次优问题 R5引入了静态路由,优先级是150 R2->R5->100.1.1.0,优先级是150 R3->R4->100.1.1.0,优先级是150 R3->R4->R5->100.1.1.0,优先级是150 R2-…...

编程日记 2025/8/24 2:23:20

环境变量概念以及获取环境变量（linux下解析）

目录 1 基本概念 2 常见的环境变量 3 查看环境变量方法 4 和环境变量相关的命令 5 环境变量的组织方式 6 通过代码如何获取环境变量 6.1 命令行参数 6.2 环境变量 7 通过系统调用获取或设置环境变量 1 基本概念环境变量(environmentvariables)⼀般是指在操作系统中用来指…...

编程日记 2025/8/17 18:45:18

删除win11电脑上的阿尔巴尼亚输入法SQI

删除电脑自带的阿尔巴尼亚输入法这个输入法在系统中并不显示，但是有时候会出现在右下角显示，删除这个输入法的流程如下，暂时没发现反复！ 第一步：打开注册表： winR打开运行，输入 regedit 第二…...

编程日记 2025/8/24 15:56:32

目标检测与分割：深度学习在视觉中的应用

🔍 PART 1：目标检测（Object Detection） 1️⃣ 什么是目标检测？ 目标检测是计算机视觉中的一个任务，目标是让模型“在图像中找到物体”，并且判断： 它是什么类别（classif…...

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