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HDF5文件格式:数据类型与读写功能详解

HDF5文件格式:数据类型与读写功能详解

HDF5简介

HDF5(Hierarchical Data Format version 5)是一种用于存储和管理大量科学数据的文件格式和库。它由美国国家高级计算应用中心(NCSA)开发,具有以下特点:

  • 分层结构(类似文件系统中的目录结构)
  • 支持多种数据类型
  • 跨平台兼容
  • 支持并行I/O
  • 提供数据压缩和分块存储

HDF5数据类型

HDF5支持丰富的数据类型,主要分为两类:

1. 基本数据类型

  • 整数类型:H5T_STD_I8, H5T_STD_I16, H5T_STD_I32, H5T_STD_I64(有符号)
  • 无符号整数:H5T_STD_U8, H5T_STD_U16, H5T_STD_U32, H5T_STD_U64
  • 浮点类型:H5T_IEEE_F32, H5T_IEEE_F64
  • 字符串类型:定长或变长字符串
  • 复合类型:类似C语言中的结构体
  • 枚举类型
  • 数组类型
  • 变长数据类型

2. 派生数据类型

用户可以根据需要创建更复杂的数据类型:

  • 复合类型(结构体)
  • 数组类型
  • 枚举类型
  • 变长类型
  • 不透明类型

HDF5读写功能

HDF5库提供的主要功能包括:

  1. 文件操作:创建、打开、关闭文件
  2. 组操作:创建、遍历组(类似目录)
  3. 数据集操作:创建、读写数据集(类似多维数组)
  4. 属性操作:为组或数据集添加元数据
  5. 数据类型操作:创建和管理数据类型
  6. 存储管理:分块、压缩、分片存储

HDF5读写示例程序(C语言)

示例1:创建HDF5文件并写入数据集

#include <hdf5.h>
#include <stdio.h>#define FILE_NAME "example.h5"
#define DATASET_NAME "IntArray"
#define DIM0 4
#define DIM1 6int main() {hid_t file_id, dataset_id, dataspace_id;herr_t status;hsize_t dims[2] = {DIM0, DIM1};int data[DIM0][DIM1];// 初始化数据for (int i = 0; i < DIM0; i++)for (int j = 0; j < DIM1; j++)data[i][j] = i * DIM1 + j + 1;// 创建新HDF5文件file_id = H5Fcreate(FILE_NAME, H5F_ACC_TRUNC, H5P_DEFAULT, H5P_DEFAULT);// 创建数据空间dataspace_id = H5Screate_simple(2, dims, NULL);// 创建数据集dataset_id = H5Dcreate2(file_id, DATASET_NAME, H5T_STD_I32LE, dataspace_id, H5P_DEFAULT, H5P_DEFAULT, H5P_DEFAULT);// 写入数据status = H5Dwrite(dataset_id, H5T_NATIVE_INT, H5S_ALL, H5S_ALL, H5P_DEFAULT, data);// 关闭资源status = H5Dclose(dataset_id);status = H5Sclose(dataspace_id);status = H5Fclose(file_id);printf("HDF5文件创建成功,数据已写入。\n");return 0;
}

示例2:读取HDF5文件中的数据

#include <hdf5.h>
#include <stdio.h>#define FILE_NAME "example.h5"
#define DATASET_NAME "IntArray"
#define DIM0 4
#define DIM1 6int main() {hid_t file_id, dataset_id;herr_t status;int data[DIM0][DIM1];// 打开现有HDF5文件file_id = H5Fopen(FILE_NAME, H5F_ACC_RDONLY, H5P_DEFAULT);// 打开数据集dataset_id = H5Dopen2(file_id, DATASET_NAME, H5P_DEFAULT);// 读取数据status = H5Dread(dataset_id, H5T_NATIVE_INT, H5S_ALL, H5S_ALL, H5P_DEFAULT, data);// 打印数据printf("读取的数据内容:\n");for (int i = 0; i < DIM0; i++) {for (int j = 0; j < DIM1; j++)printf("%3d ", data[i][j]);printf("\n");}// 关闭资源status = H5Dclose(dataset_id);status = H5Fclose(file_id);return 0;
}

示例3:使用压缩存储和属性

#include <hdf5.h>
#include <stdio.h>
#include <time.h>#define FILE_NAME "compressed.h5"
#define DATASET_NAME "CompressedData"
#define DIM0 1000
#define DIM1 500int main() {hid_t file_id, dataset_id, dataspace_id, plist_id, attr_id, atype_id;herr_t status;hsize_t dims[2] = {DIM0, DIM1};hsize_t chunk_dims[2] = {100, 100};float data[DIM0][DIM1];time_t current_time;char time_str[50];// 初始化数据for (int i = 0; i < DIM0; i++)for (int j = 0; j < DIM1; j++)data[i][j] = (float)(i + j) / (i + j + 1);// 创建新HDF5文件file_id = H5Fcreate(FILE_NAME, H5F_ACC_TRUNC, H5P_DEFAULT, H5P_DEFAULT);// 创建数据空间dataspace_id = H5Screate_simple(2, dims, NULL);// 创建数据集创建属性列表,启用压缩和分块plist_id = H5Pcreate(H5P_DATASET_CREATE);status = H5Pset_chunk(plist_id, 2, chunk_dims);status = H5Pset_deflate(plist_id, 6);  // 设置压缩级别// 创建数据集dataset_id = H5Dcreate2(file_id, DATASET_NAME, H5T_IEEE_F32LE, dataspace_id, H5P_DEFAULT, plist_id, H5P_DEFAULT);// 写入数据status = H5Dwrite(dataset_id, H5T_NATIVE_FLOAT, H5S_ALL, H5S_ALL, H5P_DEFAULT, data);// 添加创建时间属性current_time = time(NULL);strftime(time_str, sizeof(time_str), "%Y-%m-%d %H:%M:%S", localtime(&current_time));atype_id = H5Tcopy(H5T_C_S1);status = H5Tset_size(atype_id, strlen(time_str) + 1);attr_id = H5Acreate2(dataset_id, "CreationTime", atype_id, H5Screate(H5S_SCALAR), H5P_DEFAULT, H5P_DEFAULT);status = H5Awrite(attr_id, atype_id, time_str);// 关闭资源status = H5Aclose(attr_id);status = H5Tclose(atype_id);status = H5Pclose(plist_id);status = H5Dclose(dataset_id);status = H5Sclose(dataspace_id);status = H5Fclose(file_id);printf("压缩的HDF5文件创建成功,数据已写入。\n");return 0;
}

其他语言绑定

HDF5不仅支持C语言,还提供多种语言的API:

  • Python:h5py或PyTables库
  • C++:HDF5 C++ API
  • Java:HDF5 Java绑定
  • MATLAB:HDF5接口
  • R:rhdf5包

Python示例(使用h5py)

import h5py
import numpy as np# 创建文件并写入数据
with h5py.File('example_py.h5', 'w') as f:data = np.arange(100).reshape(20, 5)dset = f.create_dataset("mydata", data=data)dset.attrs['description'] = "Example dataset created with Python"# 读取数据
with h5py.File('example_py.h5', 'r') as f:data_read = f['mydata'][:]print("Data shape:", data_read.shape)print("Description:", f['mydata'].attrs['description'])

总结

HDF5是一种强大的科学数据存储格式,具有以下优势:

  1. 支持大型复杂数据集
  2. 高效的分块和压缩存储
  3. 丰富的元数据支持(属性)
  4. 跨平台兼容性
  5. 多种编程语言支持

通过合理使用HDF5,可以有效地组织、存储和访问大规模科学数据。

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