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脑影像分析软件推荐 | AIDA介绍

news 来源：原创 2025/9/12 16:16:13

1.软件界面

2.工具包功能简介

3.软件安装注意事项

1.软件界面

2.工具包功能简介

AIDAmri是一种新型的基于图谱的成像数据分析流程，用于处理小鼠大脑的结构和功能数据，包括解剖MRI、基于扩散张量成像（DTI）的纤维追踪以及基于静息态功能MRI（rs-fMRI）的功能连接分析。AIDAmri流程包括自动化的预处理步骤，如原始数据转换、去颅骨和偏场校正，以及与艾伦小鼠脑图谱（ARA）的图像配准。该流程采用Python脚本语言开发的模块化结构，集成了既有的和新开发的算法。每个处理步骤都经过优化，以实现高效的数据处理，同时要求用户输入和编程技能最小化。原始数据经分析后，其结果会转换到ARA坐标系统中，从而能够进行高效且高精度的基于区域的分析。AIDAmri旨在填补在最重要的小鼠大脑MRI序列中缺少的开放访问和跨平台工具箱的空缺，从而促进大型队列和多中心研究中的数据处理。

3.软件安装注意事项

AIDAmri作为Docker镜像使用。启动AIDAmri实例需要以下内容：

——Docker引擎

——（仅Windows）Bash子系统

——磁盘剩余内存至少10.6 GB

建议您熟悉Shell/命令行界面（CLI）的使用。（Ubuntu网页提供相关教程）

下载或克隆该软件包：

git clone https://github.com/aswendtlab/AIDAmri.git

AIDAmri管道的容器化和结构如上图所示。存储库中的Dockerfile提供了每个所需依赖项的安装例程。docker build命令构建镜像，即系统上安装的软件。

docker run命令为这个映像创建一个可运行的实例，称为容器。容器提供了一个接口（CLI）。可以通过直接连接到一个交互式界面来访问它，该界面允许您在容器的隔离文件系统中输入AIDAmri命令，或者通过主机shell中的docker exec命令来访问它。下面几节将解释如何构建和使用管道。

要启动映像构建过程，请打开shell以授予自己对命令行界面（CLI）的访问权。将目录更改为克隆的GitHub存储库。

cd PATH/TO/AIDAmri

可以使用ls命令查看文件夹内容。在这个目录下应该有一个名为Dockerfile的文件，以及fslininstaller mod.py、bin/和lib/文件夹。然后，启动docker守护进程来构建镜像：

docker build -t aidamri:latest -f Dockerfile .

创建的映像是一个模板，用于运行所谓的容器和实例化管道。请注意，末尾的句点是命令的一部分，并指向相应的目录。-t标志调用您希望为图像赋予的名称和标签，在本例中它被称为“aidamri”并标记为“latest”。您可以根据自己的喜好更改名称和标记，但请记住，在随后调用图像的步骤中要相应地更改它们。-f标签调用当前目录下的Dockerfile。让流程运行。Docker桌面应该在构建完成后的镜像点击中显示该镜像。

您只需要在最初或在进行新更改后更新github后运行一次构建过程。如果发生了更新，构建过程将只更新那些已更改的层，因此该过程将不会像初始构建那样花费那么长的时间。

在运行容器之前，请确保知道要处理的数据在主机系统上的确切位置。容器将是一个从构建映像编写的实例，并作为您使用AIDAmri管道的环境。要运行容器，在命令行中输入以下命令：

docker run -dit \

--name aidamri \

--mount type=bind,source=PATH/TO/DATA,target=/aida/DATA \

aidamri:latest

第一个标志是-dit，它将容器作为分离模式启动，因此是d，同时也是一个交互模式，它允许您主动使用这个环境，因此是it。或者，您可以只使用-it标志直接进入容器环境。使用——name标签，您可以为容器指定一个名称，在本例中它被称为“aidamri”。

注意，映像名称和容器是单独命名的。

建议为容器指定与映像不同的名称，以避免混淆。

传递图像的名称和标签，例如在命令行末尾输入aidamri:latest。初始化后，会出现一个ID， Docker Desktop应用应该会显示正在运行的容器。您还可以通过输入docker container ls来检查容器是否正在运行。

使用如下命令进入正在运行的容器：

docker attach aidamri

Windows用户连续按“CTRL+P”和“CTRL+Q”可以使正在运行的容器不停止运行。或者，您可以键入exit，但是，这将停止容器。使用

docker start aidamri

重新运行容器。如果你想停止一个正在运行的容器，请输入“stop”而不是“start”。

成功连接后，shell提示符如下所示：

root@<SOME NUMBERS AND CHARACTERS>:/aida#

参考文献：

Pallast N, Diedenhofen M, Blaschke S, Wieters F, Wiedermann D, Hoehn M, Fink GR, Aswendt M. Processing Pipeline for Atlas-Based Imaging Data Analysis of Structural and Functional Mouse Brain MRI (AIDAmri). Front Neuroinform. 2019 Jun 4;13:42. doi: 10.3389/fninf.2019.00042. PMID: 31231202; PMCID: PMC6559195.

1.软件界面

2.工具包功能简介

3.软件安装注意事项

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