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AF3 OpenFoldBatchCollator类解读

news 来源：原创 2025/8/22 18:19:20

AlphaFold3 data_modules 模块的 OpenFoldBatchCollator 类将一个蛋白质样本列表中的多个字典按键合并，并对每个键值进行 torch.stack 操作，打包成一个批次（batch）。通过定义 OpenFoldBatchCollator类的 __call__ 方法，可以将类的实例当作函数来调用，相当于自定义的批次打包器（collate function），可以作为DataLoader的collate_fn参数。

源代码：

def dict_multimap(fn, dicts):first = dicts[0]new_dict = {}for k, v in first.items():all_v = [d[k] for d in dicts]if type(v) is dict:new_dict[k] = dict_multimap(fn, all_v)else:new_dict[k] = fn(all_v)return new_dictclass OpenFoldBatchCollator:def __call__(self, prots):stack_fn = partial(torch.stack, dim=0)return dict_multimap(stack_fn, prots)

代码解读：

一、函数 dict_multimap(fn, dicts) 解读

该函数是一个递归的字典合并工具函数。
目标：对多个结构一致的字典，对每一个键值应用某个函数（比如 torch.stack）。

参数说明：

  • fn：对每个键对应的一组值进行的操作（如 torch.stack）

  • dicts：一个字典列表，如 [dict1, dict2, ...]

工作流程：

假设你有如下字典列表：

dicts = [{&#

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