ChimeraX介绍
UCSF ChimeraX 是一款由美国加州大学旧金山分校(UCSF)开发的下一代分子可视化软件,是经典的 UCSF Chimera 的继任者。它集成了强大的分子结构可视化、分析、建模和动画功能,广泛应用于结构生物学、药物设计、分子建模等领域。
1. 下载安装:
Download UCSF ChimeraX
2. 常用的commands 命令
文件操作
功能 | 命令示例 |
---|---|
打开结构文件(本地) | open ~/protein.pdb |
打开 PDB 数据库结构 | open 1ubq |
关闭全部结构 | close all |
保存结构文件 | save ~/output.pdb format pdb |
保存图像(高分辨) | save ~/image.png supersample 3 dpi 300 |
保存会话 | save project.cxs |
查看模型编号 | info models |
结构选择
通用结构:
#modelID/chainID:residueRange@atom
功能 | 命令 |
---|---|
选择第 51 号残基(链 A) | select #1/A:51 |
选择 A 链所有残基 | select #1/A |
选择残基 10 到 20 | select #1/B:10-20 |
选择某原子(CA) |
相关文章:
ChimeraX介绍
UCSF ChimeraX 是一款由美国加州大学旧金山分校(UCSF)开发的下一代分子可视化软件,是经典的 UCSF Chimera 的继任者。它集成了强大的分子结构可视化、分析、建模和动画功能,广泛应用于结构生物学、药物设计、分子建模等领域。 1. 下载安装: Download UCSF ChimeraX 2. …...
【Linux】初见,基础指令
前言 本文将讲解Linux中最基础的东西-----指令,带大家了解一下Linux中有哪些基础指令,分别有什么作用。 本文中的指令和选项并不全,只介绍较为常用的 pwd指令 语法:pwd 功能:显示当前所在位置(路径…...
链表的面试题8之环形链表
许久不见,那么这是最后倒数第三题了,这道题我们来看一下环形链表。 老规矩贴链接:141. 环形链表 - 力扣(LeetCode) 目录 倒数第k个元素 获取中间元素的问题。 双指针 来,大致看一下题目,这…...
OBS Studio:windows免费开源的直播与录屏软件
OBS Studio是一款免费、开源且跨平台的直播与录屏软件。其支持 Windows、macOS 和 Linux。OBS适用于,有直播需求的人群或录屏需求的人群。 Stars 数64,323Forks 数8413 主要特点 推流:OBS Studio 支持将视频实时推流至多个平台,如 YouTube、…...
邂逅Node.js
首先先要来学习一下nodejs的基础(和后端开发有联系的) 再然后的学习路线是学习npm,yarn,cnpm,npx,pnpm等包管理工具 然后进行模块化的使用,再去学习webpack和git(版本控制工具&…...
React 常见的陷阱之(如异步访问事件对象)
文章目录 前言1. 异步访问事件对象问题解决方案 2. 事件传播的误解**问题**解决方案 **3. 事件监听器未正确卸载****问题****解决方案** **4. 动态列表中的事件绑定****问题****解决方案** **5. 第三方库与 React 事件冲突****问题****解决方案** **6. 表单输入与受控组件****问…...
【LinkedList demo 内部类讲说】
LinkedList demo 内部类讲说 1. Node节点2.MyLinkedList3. LinkedListTest 测试类 1. Node节点 public class Node<T> {private Node<T> pre;private Node<T> next;private T data;public Node() {}public Node getPre() {return pre;}public void setPre(N…...
Sql刷题日志(day9)
一、笔试 1、limit offset:分页查询 SELECT column1, column2, ... FROM table_name LIMIT number_of_rows OFFSET start_row; --跳过前 start_row 行,返回接下来的 number_of_rows 行。 2、lag、lead:查询前后行数据 --lag函数用于访问当…...
46 python pandas
Pandas是Python数据分析的利器,也是各种数据建模的标准工具 一、什么是pandas pandas 是 Python 中用于数据处理和分析的核心库,提供了高效的数据结构(如Series和DataFrame)和数据操作工具,广泛应用于数据清洗、分析、可视化等场景。 最常用的是用来处理excel数据。 二…...
告别延迟!Ethernetip转modbustcp网关在熔炼车间监控的极速时代
熔炼车间热火朝天,巨大的热风炉发出隆隆的轰鸣声,我作为一名技术操控工,正密切关注着监控系统上跳动的各项参数。这套基于EtherNET/ip的监控系统,是我们车间数字化改造的核心,它将原本分散的控制单元整合在一起&#x…...
Prompt Tuning:高效微调大模型的新利器
Prompt Tuning(提示调优)是什么 Prompt Tuning(提示调优) 是大模型参数高效微调(Parameter-Efficient Fine-Tuning, PEFT)的重要技术之一,其核心思想是通过优化 连续的提示向量(而非整个模型参数)来适配特定任务。以下是关于 Prompt Tuning 的详细解析: 一、核心概念…...
⼆叉搜索树详解
1. ⼆叉搜索树的概念 ⼆叉搜索树⼜称⼆叉排序树,它或者是⼀棵空树,或者是具有以下性质的⼆叉树: • 若它的左⼦树不为空,则左⼦树上所有结点的值都⼩于等于根结点的值 • 若它的右⼦树不为空,则右⼦树上所有结点的值都⼤于等于根结…...
CompleteableFuture的异步任务编排
为什么会有CompleteableFuture Java 的 1.5 版本引入了 Future,可以把它简单的理解为运算结果的占位符, 它提供了两个方法来获取运算结果。 get():调用该方法线程将会无限期等待运算结果。get(longmeout, TimeUnit unit):调用该…...
珈和科技贺李德仁院士荣膺国际数字地球学会会士:以时空智能赋能可持续发展目标 绘就数字地球未来蓝图
4月22日,第十四届国际数字地球会议在重庆盛大启幕。在这场在全球范围内数字地球领域具有国际影响力的学术盛会上,国际数字地球学会向珈和科技的企业顾问,2023年度国家最高科学技术奖得主李德仁院士授予了“国际数字地球学会会士”最高荣誉称号…...
【CodeBuddy 】从0到1,打造一个“牛马打鸡血仪”
【CodeBuddy 】从0到1,打造一个“牛马打鸡血仪” 我正在参加CodeBuddy「首席试玩官」内容创作大赛,本文所使用的 CodeBuddy 免费下载链接:腾讯云代码助手 CodeBuddy - AI 时代的智能编程伙伴 🌟嗨,我是LucianaiB&#…...
BI是什么意思?一文讲清BI的概念与应用!
目录 一、BI 是什么意思 1. BI 的定义 2. BI 的发展历程 3. BI 的核心组件 二、BI 的应用场景 1. 销售与市场营销 2. 财务管理 编辑3. 人力资源管理 4. 生产与运营管理 编辑三、选择合适的 BI 工具 1. 考虑企业的需求和规模 2. 评估工具的功能和性能 3. 关注工…...
可编辑PPT | 华为安全架构设计方法指南华为数字化转型架构解决方案
这份文档是华为的安全架构设计方法指南,它详细介绍了安全架构设计的重要性、方法和流程。文档强调安全架构是软件研发技术体系中的关键DFX能力,与可靠性、性能等并列,尤其在云计算和复杂网络环境下,安全性设计显得尤为重要。华为的…...
1.6 提示词工程(二)
目录 3.2 提供参考文本 3.2.1 使用参考文本来构建答案 3.2.2 指导模型用引用的文本回答问题 3.3 把复杂的任务拆分成简单的子任务 3.3.1 利用意图分类确定与用户查询最相关的指令 3.3.2 针对需要长时间对话的应用程序,应概括或过滤之前的对话内容 …...
WIFI信号状态信息 CSI 深度学习之数据集
Building occupant activity sensing dataset based on WIFI CSI(WiSA) 所有的数据以及实验参数都上传到了figshare中并配备详细说明,供参考。 论文链接:WiSA: Privacy-enhanced WiFi-based activity intensity recognition in …...
基于服务器的 DPI 深度分析解决方案
一、传统网络流量分析的瓶颈与挑战 在企业网络管理体系中,传统流量分析模式高度依赖网络设备作为数据采集核心节点,无论是基于 NetFlow/IPFIX 等流协议的流量分析,还是通过端口镜像技术实现的流量监控,均以交换机、路由器等网络设…...
动态规划(5):线性动态规划
引言 所谓线性动态规划,通常指状态定义和转移具有线性结构的动态规划问题,其状态通常可以用一维数组表示,状态转移主要依赖于相邻或前面有限个状态。这类问题的特点是状态空间呈线性排列,每个状态只与有限个前置状态相关,使得问题结构相对简单,更容易理解和掌握。 一维…...
c语言- 如何构建CMake项目(Linux/VSCode)
目录 linux(vscode)构建C语言CMake项目 1. 检查linux是否下载cmake,否则执行下列代码 2. 在vscode下载cmake的插件CMake Tools 3. 构建项目(项目结构) 4. 进行cmake配置 1. 在VS Code中按下ctrl shift p键&…...
HJ17 坐标移动【牛客网】
文章目录 零、原题链接一、题目描述二、测试用例三、解题思路四、参考代码 零、原题链接 HJ17 坐标移动 一、题目描述 二、测试用例 三、解题思路 基本思路: 这题的难点在于理解题目和如何处理各种情况。题目是给定一串指令,首先要判断指令是否合法…...
HGHAC集群滚动扩展或更换硬盘设备
文章目录 环境文档用途详细信息 环境 系统平台:N/A 版本:4.5.8 文档用途 集群版本:hghac4.2.1 数据库版本:hgdb-see-4.5.8 此步骤适用于所有hac架构的hgdb集群。 主要用途:HAC集群服务器滚动扩展或更换硬盘 本文…...
虚拟环境中VSCode运行jupyter文件
用VS Code打开jupyter文件,点击右上角 Select Kernel 在正上方会出现这个选择框,选择 Python Environment 会出来所有的虚拟环境,选择要用的环境行...
【蓝桥杯嵌入式】【模块】六、PWM相关配置及代码模板
1. 前言 最近在准备16届的蓝桥杯嵌入式赛道的国赛,打算出一个系列的博客,记录STM32G431RBT6这块比赛用板上所有模块可能涉及到的所有考点,如果有错误或者遗漏欢迎各位大佬斧正。 本系列博客会分为以下两大类: 1.1. 单独模块的讲…...
力扣-盛最多水的容器
1.题目描述 2.题目链接 11. 盛最多水的容器 - 力扣(LeetCode) 3.题目解析 题目中的储水量两边差*短边高度。也就是说,两条边中,决定储水量的是短边的高度。 我们可以定义两个指针,一个在最左边,一个在…...
数据实时同步:inotify + rsync 实现数据实时同步
1 数据实时同步 在生产环境中,某些场景下,要将数据或文件进行实时同步,保证数据更新后其它节点能立即获得最新的数据。 数据同步的两种方式 PULL:拉,使用定时任务的方式配合同步命令或脚本等,从指定服务…...
C#学习第24天:程序集和部署
程序集知识点 1.程序集的基本概念 程序集是部署和版本控制的最小单位。它可以是可执行文件(.exe)或动态链接库(.dll)。包含元数据和清单(Manifest),描述程序集的内容和依赖关系。 2.程序集清单…...
mac .zshrc:1: command not found: 0 解决方案
nano ~/.zshrc 使用自带的nano命令打开文件,修改后 Ctrl X 然后输入y 然后回车即可保存成功 一般情况下,不是常用这个命令,除非是遇到有问题的文件,才用, 例如 遇到下面的问题 /Users/xxli/.zshrc:1: command no…...
学习设计模式《十》——代理模式
一、基础概念 代理模式的本质【控制对象访问】; 代理模式的定义:为其他对象提供一种代理以控制对这个对象的访问; 代理模式的功能:代理模式是通过创建一个代理对象,用这个代理对象去代表真实的对象;客户端得…...
RestFul操作ElasticSearch:索引与文档全攻略
RestFul方式操作ES 索引库操作 创建索引库 PUT /索引库名称 {"mappings":{"properties":{"字段名":{"type":"字段类型","analyzer":"分词器","index":"是否参与搜索(布尔值)"},…...
OpenCV 图像读取与显示
一、知识点: 1、读取图像 (1)、Mat imread( const String & filename, int flags IMREAD_COLOR_BGR ); (2)、返回值: Mat,返回读取的图像。 若读取图像失败,则返回一个空的对象,对象.empty()为true。 (3)、参数filename: String是…...
Django快速入门篇
Django官网 https://docs.djangoproject.com/zh-hans/4.2/ 官方介绍 官方版本 推荐LTS版本,python3.9/3.10 djongo 每两年会出一个LTS版本 关于环节djongo,conda直接安装即可 conda create -n myenv python3.9 conda activate myenv pip install dj…...
C++23 新增扁平化关联容器详解
文章目录 一、引言已有关联容器回顾新容器的引入原因 二、std::flat_set定义与特性代码示例适用场景 三、std::flat_multiset定义与特性代码示例适用场景 四、std::flat_map定义与特性代码示例适用场景 五、std::flat_multimap定义与特性代码示例适用场景 六、与其他容器的比较…...
当PLC遇上电焊机器人:EtherCAT转CANopen上演工业级“语言翻译官”
在汽车自动化产线中,PLC与电焊机器人的高效协同是提升生产效率的关键。但PLC常用的EtherCAT协议与电焊机器人采用的CANopen协议存在通信壁垒,JH-ECT009疆鸿智能EtherCAT转CANopen技术成为打破这一障碍的核心方案。 应用拓扑图 EtherCAT是高速工业以太网协…...
LeetCode 1345. 跳跃游戏 IV(困难)
题目描述 给你一个整数数组 arr ,你一开始在数组的第一个元素处(下标为 0)。 每一步,你可以从下标 i 跳到下标 i 1 、i - 1 或者 j : i 1 需满足:i 1 < arr.lengthi - 1 需满足:i - 1 …...
Linux bash shell的循环命令for、while和until
1、for命令 for命令,允许你创建一个遍历一系列值的循环,每次迭代都使用其中一个 值来执行已定义好的一组命令。 for var in list do commands done # 在list参数中,你需要提供迭代中要用到的一系列值。 # 可以通过几种不同的方法指定列表中的…...
三、【数据建模篇】:用 Django Models 构建测试平台核心数据
【数据建模篇】:用 Django Models 构建测试平台核心数据 前言我们要设计哪些核心数据?准备工作:创建 Django App开始设计数据模型 (Models)1. 通用基础模型 (可选但推荐)2. 项目模型 (Project)3. 模块模型 (Module)4. 测试用例模型 (TestCase…...
Mac如何允许安装任何来源软件?
打开系统偏好设置-安全性与隐私,点击右下角的解锁按钮,选择允许从任何来源。 如果没有这一选项,请到打开终端,输入命令行:sudo spctl --master-disable, 输入命令后回车,输入电脑的开机密码后回车。 返回“…...
云原生主要架构模式
云原生(Cloud Native)是一种利用云计算的优势来构建和运行可扩展、弹性和高效应用程序的方法。它不仅仅是技术的集合,更是一种架构和设计理念。本文将围绕你提出的几部分,深入探讨云原生主要的架构模式,帮助你理解如何利用这些模式构建现代化的应用。 1. 服务化架构模式(…...
Neon数据库:让Postgres更智能的选择!
Neon:革新的Serverless PostgreSQL解决方案 在当今快速发展的技术世界,数据库的效率和灵活性成为众多开发者关注的重中之重。Neon,以其独特的serverless架构,正引领着这一变革。本文将深入探讨Neon的独特构架、应用场景以及具体的…...
《Metasploit框架核心模块解析与安全防护实践》
目录 一、框架模块化设计与安全验证价值 1. 漏洞验证模块(Exploit Modules) 2. 安全评估模块(Auxiliary Modules) 3. 安全响应模块(Post-Exploitation) 4. 载荷安全…...
C#:多线程Task使用
一.Task与Thread Task是架构在Thread之上的,也就是说任务最终还是要抛给线程去执行。Task跟Thread不是一对一的关系,比如开10个任务并不是说会开10个线程,这一点任务有点类似线程池,但是任务相比线程池有很小的开销和精确的控制。…...
Nginx笔记
一、概述 Nginx一个具有高性能的【HTTP】和【反向代理】的【WEB服务器】,同时也是一个电子邮件代理服务器。正向代理服务的是客户端(比如VPN),反向代理服务的是服务端。Nginx是多进程的,有一个Master进程控制多个Worke…...
小米便签源码部署流程
一、准备环境 1. 安装必要工具 Android Studio:最新稳定版(需支持 Kotlin 和 Jetpack Compose)。 JDK:建议 JDK 11 或更高(通过 sdkman 或 brew 安装)。 Git:用于克隆源码。 2. 配置国内镜像源&…...
DAY 30 超大力王爱学Python
知识点回顾: 导入官方库的三种手段导入自定义库/模块的方式导入库/模块的核心逻辑:找到根目录(python解释器的目录和终端的目录不一致) 作业:自己新建几个不同路径文件尝试下如何导入 步骤 1:创建项目结构 …...
左右边界策略
这是一套完整的交易逻辑策略,涵盖了从函数定义、指标计算、信号生成到资金和仓位管理、加仓和减仓逻辑、以及止损和止盈逻辑的各个方面。 以下对该交易系统进行详细分析: 交易逻辑思路 1. 函数定义 - DZSell 和 DZBuy 函数:这两个函数用于计算卖出和买入的价格区间。它…...
iOS苹果和Android安卓测试APP应用程序的区别差异
在当今这个移动互联网时代,iOS和Android作为两大主流操作系统,它们在测试应用程序时存在哪些差异呢?这不仅是一个技术问题,也是一个市场策略问题。让我们从一个实际案例开始探讨。 假设我们有一个新的社交应用需要在iOS和Android…...
【Python装饰器深潜】从语法糖到元编程的艺术
目录 🌟 前言🏗️ 技术背景与价值🩹 当前技术痛点🛠️ 解决方案概述👥 目标读者说明🧠 一、技术原理剖析📊 核心概念图解💡 核心作用讲解🔧 关键技术模块说明⚖️ 技术选型对比🛠️ 二、实战演示⚙️ 环境配置要求💻 核心代码实现案例1:基础计时装饰器案…...