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R语言操作n

news 来源：原创 2025/6/8 6:43:48

1.加载安装vegan包
2.查看data(varechem)和data(varespec),探索其维度和结构
3.基于varespec构建物种互作网络，输出gml文件并采用gephi可视化为图片，输出pdf，阈值为r>0.6，p<0.05
4.基于varespec和varechem构建物种-环境互作网络，输出gml文件并采用gephi可视化为图片，输出pdf,阔值为r>0.6，p<0.05

# 1
install.packages("vegan")
library(vegan)# 2
data(varechem)
data(varespec)
dim(varechem)
dim(varespec)
str(varechem)
str(varespec)# 3
install.packages(c("Hmisc", "igraph"))
library(Hmisc)
library(igraph)
cor_spec <- rcorr(as.matrix(varespec), type = "pearson")
species <- colnames(varespec)
edges <- data.frame()
for (i in 1:(ncol(varespec)-1)) {for (j in (i+1):ncol(varespec)) {r_val <- cor_spec$r[i, j]p_val <- cor_spec$P[i, j]if (abs(r_val) > 0.6 && p_val < 0.05) {edges <- rbind(edges, data.frame(from = species[i], to = species[j]))}}
}
g <- graph_from_data_frame(edges, directed = FALSE)
write_graph(g, "species_network.gml", format = "gml")# 4
library(psych)
cor_env_spec <- corr.test(varespec, varechem, method = "pearson", adjust = "none")
edges_env <- data.frame()
env_vars <- colnames(varechem)
for (i in 1:ncol(varespec)) {for (j in 1:ncol(varechem)) {r_val <- cor_env_spec$r[i, j]p_val <- cor_env_spec$p[i, j]if (abs(r_val) > 0.6 && p_val < 0.05) {edges_env <- rbind(edges_env, data.frame(from = species[i], to = env_vars[j]))}}
}
nodes_env <- data.frame(name = c(species, env_vars),type = c(rep("species", length(species)),rep("environment", length(env_vars))))
g_env <- graph_from_data_frame(edges_env, directed = FALSE, vertices = nodes_env)
write_graph(g_env, "species_env_network.gml", format = "gml")

gephi安装网址

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1.加载安装vegan包 2.查看data(varechem)和data(varespec),探索其维度和结构 3.基于varespec构建物种互作网络，输出gml文件并采用gephi可视化为图片，输出pdf，阈值为r>0.6，p<0.05 4.基于varespec和varechem构建物种-环境互作…...

编程日记 2025/6/2 6:25:54

ChatGPT与DeepSeek在科研论文撰写中的整体科研流程与案例解析

随着人工智能技术的快速发展，大语言模型如ChatGPT和DeepSeek在科研领域展现出强大的潜力，尤其是在论文撰写方面。本文旨在介绍如何利用ChatGPT和DeepSeek提升科研论文撰写的效率与质量，并提供一个具体案例，详细阐述其技术流程及公…...

编程日记 2025/4/28 12:48:37

VScode在 Markdown 编辑器中预览

1. 使用在线 Mermaid 编辑器步骤： 打开 Mermaid Live Editor。将你 .md 文件中的 Mermaid 代码（从 mermaid 到结束的代码块）复制粘贴到编辑器的左侧输入框。编辑器会自动在右侧生成可视化的 ER 图。你可以点击右上角的下载按钮，…...

编程日记 2025/4/28 12:48:35

驱动开发硬核特训 · Day 22（下篇）： # 深入理解 Power-domain 框架：概念、功能与完整代码剖析

一、Power-domain 框架基础概念 ✏️ 什么是 Power-domain？ 在 Linux 内核中，Power-domain（电源域） 是指一组硬件模块的逻辑集合，这些模块可以被统一控制电源状态（上电、断电）。 Linux 内核通…...

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无人机超声波避障技术要点与难点！

一、超声波避障技术要点 4. 障碍物建模通过最小二乘法平面拟合，将单点测距数据转化为障碍物表面模型，提高避障准确性。使用队列（wallqueue）存储障碍物信息，并进行去重处理，避免重复避障。 5. 避障轨…...

编程日记 2025/4/28 12:47:33

ASCII字符编码标准及字符表

目录概述 1 标准 ASCII 表（0-127） 2 大写字母（A-Z） 3 小写字母（a-z） 4 说明概述 ASCII（American Standard Code for Information Interchange，美国信息交换标准代码&#xff…...

编程日记 2025/5/27 20:58:06

联想昭阳笔记本风扇一键静音优化操作指南

【联想昭阳笔记本一键静音优化操作指南】第1步：安装官方工具 Lenovo Vantage 打开【开始菜单】→ 搜索【Microsoft Store】，打开。在 Store 里搜索【Lenovo Vantage】，下载安装。安装好后，打开【Lenovo Vantage】。进入【设备…...

编程日记 2025/4/28 12:45:22

go语言八股文（三）

1.java和go的区别 1. 语言设计目标 Java： 通用性：设计为一种通用的、面向对象的编程语言，适用于多种应用场景，如桌面应用、服务器端应用、移动应用等。跨平台性：通过“一次编写，到处运行”（Wr…...

编程日记 2025/5/21 19:29:02

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【工具】scMultiMap基于单细胞多模态数据实现增强子与靶基因的细胞类型特异性映射

文章目录介绍代码参考介绍在与疾病相关的细胞类型中绘制增强子和靶基因图谱，能够为全基因组关联研究（GWAS）变异的功能机制提供关键见解。单细胞多模态数据能够测量同一细胞中的基因表达和染色质可及性，从而实现细胞类型特异性…...

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rt-linux下的cgroup cpu的死锁bug

一、背景 rt-linux系统有其非常大的实时性的优势，但是与之俱来的是该系统上有一些天然的缺陷。由于rt-linux系统允许进程在内核态执行的逻辑里，在持锁期间，甚至持spinlock锁期间，都能被其他进程抢占。这一特性能带来实时性的好处…...

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Java 内存泄漏详解

Java 内存泄漏是指程序中某些对象不再被使用，但由于某些原因无法被垃圾回收器（Garbage Collector, GC）回收，导致内存被持续占用，最终可能引发性能问题或 OutOfMemoryError。本文将从底层原理、源码层面详细解释 Java …...

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Rabbit MQ的基础认识

零、介绍 MQ：message queue（消息队列：先进先出） Rabbit MQ： 一、优势 1.应用解耦 2.异步提速 3.削峰填谷 4.总结二、劣势...

编程日记 2025/5/3 6:16:42

GIS开发笔记（16）解决基于osg和osgearth三维地图上添加placeNode图标点击不易拾取的问题

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编程日记 2025/5/29 16:32:06

JDBC 使用流程详解

1. 加载数据库驱动目的：注册数据库驱动类，使 JDBC 能识别特定数据库（如 MySQL、Oracle）。代码示例： // JDBC 4.0 后无需显式加载驱动（SPI 自动发现），但部分旧项目仍需手动加载 C…...

编程日记 2025/5/15 7:38:52

小白学习java第16天（上）: javaWeb

0.背景介绍 1.前言首先我们需要javaweb里面的大概流程是干什么的，怎么才能实现的？，每一部分是靠什么进行的？以及背后实现的功能是干什么的？。。。。对于我来说要是不解决这些，会让我感觉不踏实&#xff…...

编程日记 2025/5/28 10:53:35

1、vue webpack配置 filename: [path][base].gz,// 设置成这样就行了 const { defineConfig } require(vue/cli-service)const debug process.env.NODE_ENV ! productionconst CompressionWebpackPlugin require(compression-webpack-plugin)const TerserPlugin require(…...

编程日记 2025/4/28 12:39:53

Excel如何安装使用EPM插件并且汉化？

Excel如何使用EPM插件 Excel如何使用EPM插件一、安装EPM插件二、启动EPM插件三、插件汉化设置 Excel如何使用EPM插件一、安装EPM插件在安装EPM插件时，若运行安装包后出现报错提示，通常是因为系统缺少 Visual Studio 2010 组件，需先安装该…...

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在Linux中使用fcntl函数和ioctl函数

特性fcntlioctl作用对象文件描述符（通用文件操作）设备文件（硬件或驱动控制）标准化程度POSIX 标准，行为一致设备相关，无统一标准典型场景文件锁、非阻塞模式、描述符复制终端控制、网络配置、硬件操作移植性…...

编程日记 2025/5/4 3:12:32

ESP32-S3 入门学习笔记（四）：LED实验

ESP32-S3 入门学习笔记（四）：LED实验开发板：正点原子ESP32S3 B站学习链接：link 1. GPIO&LED 简介 1.1 GPIO 简介 GPIO 是负责控制或采集外部器件信息的外设，主要负责输入输出功能。以下是ATK-MWS3S…...

编程日记 2025/5/29 8:46:26

clickhouse#复制修改数据

需求在ClickHouse表中存在一些数据，你需要复制其中几行数据，这个复制不是完全复制，额外需要修改其中某几列数据项。语句 INSERT INTO xxx_table SELECT * REPLACE ({except_value_1} AS {column_name_1},...{except_value_n} AS {colum…...

编程日记 2025/5/7 23:32:10

Java安全之cc链学习集合

CC1 InvokerTransformer https://blog.csdn.net/weixin_53912233/article/details/137786954 LazyMap https://blog.csdn.net/weixin_53912233/article/details/137787763 CC1链学习记录_cc1 链子学习-CSDN博客 Java反序列化Commons-Collections篇02-CC1链补充 | Drunk…...

编程日记 2025/6/3 22:57:50

分享：google高级搜索常用的4个入口

网站和文件：google.com/advanced_search图片：google.com/advanced_image_search视频：google.com/advanced_video_search书籍：google.com/advanced_book_search...

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内存四区（堆）

在上一次分享中，我和大家分享了栈区，今天栈区来了。而内存四区中，堆区是干嘛的呢？ 堆区，也是用来存放数据的，只不过呢，堆区中的数据的生死存亡是由程序员来控制的。当然如果你一直不管堆区…...

编程日记 2025/5/3 10:49:30

Ldap高效数据同步- MirrorMode双主复制模式配置详解（下）

#作者：朱雷上篇：《Ldap高效数据同步- MirrorMode双主复制模式配置详解（上）》链接: link 文章目录三、配置Mirror复制类型3.3. 在ldap-0上增加test2用户3.4. 在ldap-1上查看3.5. 在ldap-1上增加test4用户3.7. 最终两台LDAP数据…...

编程日记 2025/5/31 8:24:50

亚组风险比分析与可视化

1. 结果解读 1.1 风险比概述 1.1.1 风险比基本概念风险比（Hazard Ratio）用于衡量治疗组与对照组事件发生的风险差异。风险比为1，表示两组风险相同；小于1，治疗组风险低；大于1，治疗组风险高。 1.1.2 性别亚组分析 A性风险比小于1，表明治疗对A性有积极效果，风险降低。…...

编程日记 2025/5/23 14:08:34

2个小时1.5w字｜ React Golang 全栈微服务实战

文章目录前言Golang 入门教程1. 下载与环境配置安装 GoWindows 安装macOS 安装Linux 安装理解 GOROOT 和 GOPATHGOROOTGOPATHGo Modules 与 GOPATH 的关系查看和设置 Go 环境变量配置 GOPATH 2. 语法与包管理Go 基础语法运行 Go 程序构建 Go 程序包管理 (Go Modules)常用标准…...

编程日记 2025/5/29 10:06:15

Spring security详细上手教学（三）密码管理

Spring security详细上手教学（三）密码管理本章节两部分内容实现PasswordEncoder使用Spring Security Crypto模块提供的工具 1. 使用 password encoder 通常，系统不会使用纯文本来保存密码，需要进行加密/哈希等一系列处理以加…...

编程日记 2025/5/29 10:52:15

ADC读取异常情况汇总

MCU ADC读取内部参考电压 Vrefint 如果某个输入引脚的电压高于供电电压，可能存在读取内部参考电压数值不准或者读数是4095。虽然宽电压支持，最好硬件设计硬件避免这种情况，避免异常情况。...

编程日记 2025/5/5 3:17:34

给函数参数设置默认值的方式

在 JavaScript 中，给函数参数设置默认值主要有以下几种方式： 1. 函数体内手动检查赋值（ES5 及以前） 在函数内部检查参数是否为 undefined，然后手动赋值默认值。 function greet(name, age) {name name ! undefined…...

编程日记 2025/5/15 13:55:26

【C语言】内存分配的理解

很多时候我们声明变量，系统就自动为我们处理好了内存。这主要取决于内存分配发生的时间和内存区域。C语言中主要有以下几种内存分配方式： 栈 (Stack) 内存分配 (自动内存): 何时发生: 在函数内部声明的非static局部变量（包括基本类型如 int…...

编程日记 2025/5/29 19:18:01

特征工程四：数据特征提取TfidfVectorizer的使用

TfidfVectorizer 深度解析 TfidfVectorizer 是 scikit-learn 中用于文本特征提取的核心工具，它将原始文本转换为 TF-IDF 特征矩阵，是自然语言处理(NLP)和文本挖掘的基础组件。一、核心原理 1. TF-IDF 计算 TF (Term Frequency)：词频&…...

编程日记 2025/6/2 3:59:05

深度学习涉及的数学与计算机知识总结

深度学习涉及的数学与计算机知识可总结为以下核心模块，结合理论与实践需求分为数学基础和计算机技能两大方向： 一、数学知识线性代数核心：矩阵运算（乘法、转置、逆矩阵）、向量空间、特征值与特征向量、奇异值分解&am…...

编程日记 2025/6/1 3:47:58

引领印尼 Web3 变革：Mandala Chain 如何助力 1 亿用户迈向数字未来？

当前 Web3 的发展正处于关键转折点，行业亟需吸引新用户以推动 Web3 的真正大规模采用。然而，大规模采用面临着核心挑战：数据泄露风险、集中存储的安全漏洞、跨系统互操作性障碍，以及低效的服务访问等问题。如何才能真正突破这些瓶…...

编程日记 2025/5/24 19:29:15

Mysql从入门到精通day6————时间和日期函数精讲

关于Mysql的日期和时间计算函数种类非常繁多，此处我们对常用的一些函数的用法通过实例演示让读者体会他们的用法，文章末尾也给出了时间和日期计算的全部函数函数1：curdate（）和current_date()函数作用：获取当前日期 select curdate(),current_date();运行效果：...

编程日记 2025/5/28 15:11:15

C#如何正确的停止一个多线程Task？CancellationTokenSource 的用法。

在 C# 中停止一个 Task 需要谨慎处理，因为直接强制终止（如 Thread.Abort()）会导致资源泄漏或状态不一致。推荐使用协作式取消（Cooperative Cancellation） 通过 CancellationToken 实现安全停止。以下是详细方…...

编程日记 2025/5/4 3:14:15

【Redis】Redis Zset实现原理：跳表+哈希表的精妙设计

一、实现： Zset有序集合是一种由跳表(Skip List)哈希表(Hash Table) 实现的数据结构。二、特点功能： Set特性排序三、跳表与哈希表分析： Zset的实现由两个数据结构： 1.跳表(Skip List)：用于存储数据的排序和快…...

编程日记 2025/5/19 11:02:44

【前端】jQuery 对数据进行正序排列

你可以使用 jQuery 对数据进行正序排列（按 jbsj 升序）。以下是完整的代码示例： <!DOCTYPE html> <html> <head><title>按时间排序</title><script src"https://code.jquery.com/jquery-3.6.0.min.js&…...

编程日记 2025/5/29 11:14:08

Matlab 报错：尝试将 SCRIPT vl_sift 作为函数执行:

问题描述： 运行matlab程序出现报错： 警告: 名称不存在或不是目录: xxx\vlfeat-0.9.21\toolbox\mex\mexw64 xxxx 尝试将 SCRIPT vl_sift 作为函数执行: xxxx\vlfeat-0.9.21\toolbox\sift\vl_sift.m原因分析： 缺少 \vlfeat-0.9.21\toolbox…...

编程日记 2025/5/17 14:19:25

前端权限管理

前端权限本质上就是控制前端视图层的展示和前端所发送的请求一、RBAC 用户（User）：系统的使用者角色（Role）：权限的集合（如管理员、普通用户）。权限（Permission&am…...

编程日记 2025/5/1 19:50:57

【PVR】《Adaptive Palm Vein Recognition Method》

[1]程良彬.自适应的手掌静脉识别方法研究[D].桂林电子科技大学,2023.DOI:10.27049/d.cnki.ggldc.2023.000681. 文章目录 1、Background and Motivation2、Related Work3、Advantages / Contributions4、Method4.1、Datasets and Metrics4.2、基于最大化手掌内切圆的感兴趣区域提…...

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MLLM之Bench：LEGO-Puzzles的简介、安装和使用方法、案例应用之详细攻略

MLLM之Bench：LEGO-Puzzles的简介、安装和使用方法、案例应用之详细攻略目录 LEGO-Puzzles的简介 1、LEGO-Puzzles的特点 LEGO-Puzzles的安装和使用方法 1、安装步骤 0：安装 VLMEvalKit 步骤 1：设置 API 密钥（可选&#xf…...

编程日记 2025/5/29 20:25:43

一周学会Pandas2 Python数据处理与分析-Pandas2数据信息查看操作

锋哥原创的Pandas2 Python数据处理与分析视频教程： 2025版 Pandas2 Python数据处理与分析视频教程(无废话版) 玩命更新中~_哔哩哔哩_bilibili DataFrame的基础信息和统计性信息。在我们拿到一个数据集，用Pandas载入后，需要做一些初步的…...

编程日记 2025/5/13 8:52:56

【大模型微调与应用开发实战指南】从理论到工业级部署

目录前言技术背景与价值当前技术痛点解决方案概述目标读者说明一、技术原理剖析核心概念图解核心作用讲解关键技术模块说明技术选型对比二、实战演示环境配置要求核心代码实现（LoRA微调）运行结果验证三、性能对比测试方法论量化数据对比结果分析四、…...

编程日记 2025/5/11 4:43:00

动手学深度学习11.10. Adam算法-笔记练习（PyTorch）

以下内容为结合李沐老师的课程和教材补充的学习笔记，以及对课后练习的一些思考，自留回顾，也供同学之人交流参考。本节课程地址：72 优化算法【动手学深度学习v2】_哔哩哔哩_bilibili 本节教材地址：11.10. Adam算法 — 动手学深度学习 2.0.0 documentation 本节开源代码…...

编程日记 2025/5/24 13:04:45

Spring Boot API版本控制实践指南

精心整理了最新的面试资料和简历模板，有需要的可以自行获取点击前往百度网盘获取点击前往夸克网盘获取引言在API迭代过程中，版本控制是保障系统兼容性的重要机制。合理的版本控制策略可以帮助开发团队平滑过渡接口变更，同时支持多版本客…...

编程日记 2025/5/15 8:12:08

如何让自己的博客可以在百度、谷歌、360上搜索到（让自己写的CSDN博客可以有更多的人看到）

发现自己写的博客文章名复制，然后粘贴到百度进行搜索，发现搜索不到自己的，但是会显示其他人的CSDN博客。于是查找相关资料，整理出以下搜索引擎资源收录入口，把自己的文章链接输入进去，然后经过审核通过后&a…...

编程日记 2025/5/30 22:17:25

Transformer

一、为什么需要Transformer？先看传统模型的痛点 1. 传统模型：RNN与CNN的短板 RNN（循环神经网络）：逐个处理单词，像流水线作业。问题：速度慢（无法并行&…...

编程日记 2025/5/25 9:45:31

LeetCode热题100--438.找到字符串中所有字母异位词--中等

1. 题目给定两个字符串 s 和 p，找到 s 中所有 p 的异位词的子串，返回这些子串的起始索引。不考虑答案输出的顺序。示例 1: 输入: s “cbaebabacd”, p “abc” 输出: [0,6] 解释: 起始索引等于 0 的子串是 “cba”, 它是 “abc” 的异位词。起始…...

编程日记 2025/5/29 11:53:25

仿微信上传头像，实现拍摄、相册选择、手动缩放、裁剪、蒙版、撤回、还原、上传微信本地文件功能

目前功能基于wx-cropper进行开发，wx-cropper 是一个基于微信小程序的图片裁剪工具项目地址：gitcode地址一、触发入口标签 <t-cell hover arrow class"userCell" catchtap"handleChangeHeadImg"><view slot"title&…...

编程日记 2025/5/29 9:19:35

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