当前位置： 首页 > news >正文

AF3 ProteinDataset类的_patch方法解读

news 来源：原创 2025/9/10 15:27:31

AlphaFold3 protein_dataset模块 ProteinDataset 类  _patch 方法的主要目的是围绕锚点残基（anchor residues）裁剪蛋白质数据，提取一个局部补丁（patch）作为模型输入。

源代码：

    def _patch(self, data):"""Cut the data around the anchor residues."""# adapted from diffabpos_alpha = data["X"][:, 2]if self.mask_whole_chains:mask_ = (data["mask"] * data["masked_res"]).bool()anchor_points = pos_alpha[mask_].mean(0).unsqueeze(0)anchor_ind = []else:anchor_ind = self.get_anchor_ind(data["masked_res"], data["mask"])anchor_points = torch.stack([pos_alpha[ind] for ind in anchor_ind], dim=0)dist_anchor = torch.cdist(pos_alpha, anchor_points, p=2).min(dim=1)[0]  # (L, )dist_anchor[~data["mask"].bool()] = float("+inf")initial_patch_idx = torch.topk(dist_anchor,k=min(self.initial_patch_size, dist_anchor.size(0)),largest=False,sorted=True,)[1]  # (initial_patch_size, )patch_mask = data["masked_res"].bool().clone()patch_mask[[int(x) for x in anchor_ind]] = Truepatch_mask[initial_patch_idx] = Trueif self.sabdab:antibody_mask = self._get_antibody_mask(data)antigen_mask = ~antibody_maskdist_anchor_antigen = dist_anchor.masked_fill(

相关文章：

AF3 ProteinDataset类的_patch方法解读

AlphaFold3 protein_dataset模块 ProteinDataset 类 _patch 方法的主要目的是围绕锚点残基（anchor residues）裁剪蛋白质数据，提取一个局部补丁（patch）作为模型输入。 源代码： def _patch(self, data):"""Cut the data around the anchor residues."…...

编程日记 2025/9/10 15:27:31

openssh 10.0在debian、ubuntu编译安装 —— 筑梦之路

OpenSSH 10.0 发布：一场安全与未来兼顾的大升级 - Linux迷 OpenSSH: Release Notes sudo apt-get updatesudo apt install build-essential zlib1g-dev libssl-dev libpam0g-dev libselinux1-devwget https://cdn.openbsd.org/pub/OpenBSD/OpenSSH/portable/opens…...

编程日记 2025/9/1 17:50:10

Go 跨域中间件实现指南：优雅解决 CORS 问题

在开发基于 Web 的 API 时，尤其是前后端分离项目，**跨域问题（CORS）**是前端开发人员经常遇到的“拦路虎”。本文将带你了解什么是跨域、如何在 Go 中优雅地实现一个跨域中间件，支持你自己的 HTTP 服务或框架如 net/htt…...

编程日记 2025/9/10 15:25:20

【数据结构_6】双向链表的实现

一、实现MyDLinkedList（双向链表） package LinkedList;public class MyDLinkedList {//首先我们要创建节点（因为双向链表和单向链表的节点不一样！！）static class Node{public String val;public Node prev…...

编程日记 2025/9/10 15:19:50

【双指针】专题：LeetCode 1089题解——复写零

复写零 一、题目链接二、题目三、算法原理1、先找到最后一个要复写的数——双指针算法1.5、处理一下边界情况2、“从后向前”完成复写操作 四、编写代码五、时间复杂度和空间复杂度 一、题目链接 复写零 二、题目 三、算法原理 解法：双指针算法 先根据“异地”操…...

编程日记 2025/9/10 15:25:21

Foxmail邮件客户端跨站脚本攻击漏洞（CNVD-2025-06036）技术分析

Foxmail邮件客户端跨站脚本攻击漏洞&#xff08;CNVD-2025-06036&#xff09;技术分析 漏洞背景 ‌漏洞编号‌&#xff1a;CNVD-2025-06036 ‌CVE编号‌&#xff1a;待分配 ‌厂商‌&#xff1a;腾讯Foxmail ‌影响版本‌&#xff1a;Foxmail < 7.2.25 ‌漏洞类型‌&#x…...

编程日记 2025/9/4 16:49:25

39.[前端开发-JavaScript高级]Day04-函数增强-argument-额外知识-对象增强

JavaScript函数的增强知识 1 函数属性和arguments 函数对象的属性 认识arguments arguments转Array 箭头函数不绑定arguments 函数的剩余&#xff08;rest&#xff09;参数 2 纯函数的理解和应用 理解JavaScript纯函数 副作用概念的理解 纯函数的案例 判断下面函数是否是纯…...

编程日记 2025/9/9 4:29:29

0x05.为什么 Redis 设计为单线程？6.0 版本为何引入多线程？

回答重点 单线程设计原因： Redis 的操作是基于内存的，其大多数操作的性能瓶颈主要不是 CPU 导致的使用单线程模型，代码简便的同时也减少了线程上下文切换带来的性能开销Redis 在单线程的情况下，使用 I/O 多路复用模型就可以提高 Redis 的 I/O 利用率了6.0 版本引入多线程的…...

编程日记 2025/9/5 21:42:12

CST1019.基于Spring Boot+Vue智能洗车管理系统

计算机/JAVA毕业设计 【CST1019.基于Spring BootVue智能洗车管理系统】 【项目介绍】 智能洗车管理系统&#xff0c;基于 Spring Boot Vue 实现&#xff0c;功能丰富、界面精美 【业务模块】 系统共有三类用户&#xff0c;分别是&#xff1a;管理员用户、普通用户、工人用户&…...

编程日记 2025/9/1 16:34:48

CST1018.基于Spring Boot+Vue滑雪场管理系统

计算机/JAVA毕业设计 【CST1018.基于Spring BootVue滑雪场管理系统】 【项目介绍】 滑雪场管理系统&#xff0c;基于 Spring Boot Vue 实现&#xff0c;功能丰富、界面精美 【业务模块】 系统共有两类用户&#xff0c;分别是管理员和普通用户&#xff0c;管理员负责维护后台数…...

编程日记 2025/9/10 1:25:42

剖析 Rust 与 C++：性能、安全及实践对比

1 性能对比&#xff1a;底层控制与运行时开销 1.1 C 的性能优势 C 给予开发者极高的底层控制能力&#xff0c;允许直接操作内存、使用指针进行精细的资源管理。这使得 C 在对性能要求极高的场景下&#xff0c;如游戏引擎开发、实时系统等&#xff0c;能够发挥出极致的性能。以…...

编程日记 2025/9/10 0:30:50

SDHC接口协议底层传输数据是安全的

SDHC&#xff08;Secure Digital High Capacity&#xff09;接口协议在底层数据传输过程中确实包含校验机制&#xff0c;以确保数据的完整性和可靠性。以下是关键点的详细说明&#xff1a; 物理层与数据链路层的校验机制 物理层&#xff08;Electrical Layer&#xff09;&…...

编程日记 2025/9/5 12:44:11

Gateway-网关-分布式服务部署

前言 什么是API⽹关 API⽹关(简称⽹关)也是⼀个服务, 通常是后端服务的唯⼀⼊⼝. 它的定义类似设计模式中的Facade模式(⻔⾯模式, 也称外观模式). 它就类似整个微服务架构的⻔⾯, 所有的外部客⼾端访问, 都需要经过它来进⾏调度和过滤. 常⻅⽹关实现 Spring Cloud Gateway&a…...

编程日记 2025/9/10 15:19:49

c++STL——string学习的模拟实现

文章目录 string的介绍学习的意义auto关键字和范围forstring中的常用接口构造和析构对string得容量进行操作string的访问迭代器(Iterators)&#xff1a;运算符[ ]重载 string类的修改操作非成员函数 string的模拟实现不同平台下的实现注意事项模拟实现部分所有的模拟实现函数预…...

编程日记 2025/9/10 15:19:48

【寻找Linux的奥秘】第四章：基础开发工具（下）

请君浏览 前言1. 自动化构建1.1 背景1.2 基本语法1.3 make的运行原理1.4通用的makefile 2. 牛刀小试--Linux第一个小程序2.1 回车与换行2.2 行缓冲区2.3 倒计时小程序2.4 进度条小程序原理代码 3. 版本控制器git3.1 认识3.2 git的使用三板斧 3.3 其他 4. 调试器gdb/cgdb4.1 了解…...

编程日记 2025/9/10 15:19:48

RK3588上Linux系统编译C/C++ Demo时出现BUG：The C/CXX compiler identification is unknown

BUG的解决思路 BUG描述&#xff1a;解决方法&#xff1a;首先最重要的一步&#xff1a;第二步&#xff1a;正确设置gcc和g的路径方法一&#xff1a;使用本地系统中安装的 aarch64-linux-gnu-gcc 和 aarch64-linux-gnu-g方法二&#xff1a;下载使用官方指定的交叉编译工具方法三…...

编程日记 2025/9/4 13:13:40

记录一次/usr/bin/ld: 找不到 -lOpenSSL::SSL

1、cmake 报错内容如下&#xff1a; /usr/bin/ld: 找不到 -lOpenSSL::SSL /usr/bin/ld: 找不到 -lOpenSSL::Crypto2、一开始以为库没有正确安装 sudo yum install openssl-devel然后查看openssl 结果还是报错&#xff01; 3、尝试卸载安装都不管用&#xff0c;网上搜了好多…...

编程日记 2025/8/28 18:54:59

[16届蓝桥杯 2025 c++省 B] 水质检测

思路&#xff1a;分类讨论&#xff0c;从左到右枚举&#xff0c;判断当前的河床和下一个河床的距离是第一行更近还是第二行更近还是都一样近&#xff0c;分成三类编写代码即可 #include<iostream> using namespace std; int main(){string s1,s2;cin>>s1>>…...

编程日记 2025/9/9 0:26:51

基于PySide6与pycatia的CATIA绘图比例智能调节工具开发全解析

引言&#xff1a;工程图纸自动化处理的技术革新 在机械设计领域&#xff0c;CATIA图纸的比例调整是高频且重复性极强的操作。传统手动调整方式效率低下且易出错。本文基于PySide6pycatia技术栈&#xff0c;提出一种支持智能比例匹配、实时视图控制、异常自处理的图纸批处理方案…...

编程日记 2025/9/9 19:34:42

四、Appium Inspector

一、介绍 Appium Inspector 是一个用于移动应用自动化测试的图形化工具&#xff0c;主要用于检查和交互应用的 UI 元素&#xff0c;帮助生成和调试自动化测试脚本。类似于浏览器的F12(开发者工具),Appium Inspector 的主要作用包括&#xff1a;‌ 1.‌检查 UI 元素‌ …...

编程日记 2025/9/5 18:12:38

玩转Docker | 使用Docker部署MicroBin粘贴板

玩转Docker | 使用Docker部署MicroBin粘贴板 前言一、MicroBin介绍MicroBin 简介主要特点二、系统要求环境要求环境检查Docker版本检查检查操作系统版本三、部署MicroBin服务下载镜像创建容器检查容器状态检查服务端口安全设置四、访问MicroBin服务访问MicroBin首页登录管理后台…...

编程日记 2025/9/6 15:55:02

BGP分解实验·23——BGP选路原则之路由器标识

在选路原则需要用到Router-ID做选路决策时&#xff0c;其对等体Router-ID较小的路由将被优选&#xff1b;其中&#xff0c;当路由被反射时&#xff0c;包含起源器ID属性时&#xff0c;该属性将代替router-id做比较。 实验拓扑如下&#xff1a; 实验通过调整路由器R1和R2的rout…...

编程日记 2025/9/6 9:36:04

MQTT：单片机中MQTTClient-C移植定时器功能

接下来我们完善MQTTTimer.c和MQTTTimer.h两个功能 MQTTTimer.h void TimerInit(Timer* timer); 功能&#xff1a;此函数用于对 Timer 结构体进行初始化。在 MQTT 客户端里&#xff0c;定时器被用于追踪各种操作的时间&#xff0c;像连接超时、心跳包发送间隔等。初始化操作会…...

编程日记 2025/9/8 21:38:07

可拖动的关系图谱原型案例

关系图谱是一种以图结构形式组织和呈现实体间复杂关联关系的可视化数据模型。它通过节点和线构建多维度网络&#xff0c;能直观揭示隐藏的群体特征和传播路径。在社交网络分析、智能推荐系统、知识图谱构建等领域广泛应用。 软件版本&#xff1a;Axure RP 9 作品类型&#xf…...

编程日记 2025/9/8 9:06:51

CST1016.基于Spring Boot+Vue高校竞赛管理系统

计算机/JAVA毕业设计 【CST1016.基于Spring BootVue高校竞赛管理系统】 【项目介绍】 高校竞赛管理系统&#xff0c;基于 DeepSeek Spring AI Spring Boot Vue 实现&#xff0c;功能丰富、界面精美 【业务模块】 系统共有两类用户&#xff0c;分别是学生用户和管理员用户&a…...

编程日记 2025/9/6 13:40:40

从三次方程到复平面：复数概念的奇妙演进（二）

注&#xff1a;本文为 “复数 | 历史 / 演进” 相关文章合辑。 因 csdn 篇幅限制分篇连载&#xff0c;此为第二篇。 生料&#xff0c;不同的文章不同的点。 机翻&#xff0c;未校。 History of Complex Numbers 复数的历史 The problem of complex numbers dates back to …...

编程日记 2025/9/6 21:56:26

PCL 点云投影至指定平面

文章目录 一、简介二、实现代码三、实现效果参考资料一、简介 之前的文章中介绍过一个点在平面上的投影坐标，其主要的思路就是利用投影垂线与平面法向量平行的特性，通过推导出的投影公式可以很容易的计算出在某点在某一平面内的投影点。因此只需要重复该过程就可以将整个点云…...

编程日记 2025/9/10 13:47:16

批量将文件名称、文件路径、文件扩展名提取到 Excel 清单

在数字化时代&#xff0c;文件的高效管理至关重要。当我们想要对磁盘中的文件进行整理&#xff0c;想要获取多个文件夹中的文件和路径信息&#xff0c;就需要现将这些文件的名称及路径信息提取出来。本文将介绍一种实用的批量提取技术&#xff0c;帮助用户优化文件管理流程&…...

编程日记 2025/9/4 6:03:27

KWDB创作者计划—KWDB场景创新：多模态数据融合与边缘智能的产业实践

引言&#xff1a;AIoT时代的数据基座重构 在工业物联网设备数量突破千亿、边缘计算节点覆盖率达75%的2025年&#xff0c;传统数据库面临多模态数据处理效率低下、边缘端算力利用率不足、跨域数据协同困难等核心挑战。KWDB&#xff08;KaiwuDB Community Edition&#xff09;通过…...

编程日记 2025/9/8 22:32:13

计算机系统概论

1. 计算机系统的基本组成 计算机系统由 硬件系统 和 软件系统 两大部分协同工作&#xff1a; 硬件系统&#xff1a; 基于冯诺依曼体系结构&#xff08;存储程序原理&#xff09;&#xff0c;包含五大核心部件&#xff1a; 运算器&#xff08;ALU&#xff09;&#xff1a;执行算…...

编程日记 2025/9/10 13:11:10

Android Cmake构建的项目，需不需要配置指定ndk及版本

在 CMake 构建的 Android 项目中&#xff0c;是否需要显式配置 NDK 及其版本&#xff0c;取决于项目的具体需求和环境。以下是详细分析和建议&#xff1a; 1. 是否需要显式配置 NDK 及版本&#xff1f; 情况 1&#xff1a;Android Studio 自动管理 NDK&#xff08;推荐&#x…...

编程日记 2025/9/5 12:11:43

国内AI大模型卷到什么程度了？

目录 1.开源大模型更有前景吗&#xff1f; 2.参数越大真的越牛逼吗&#xff1f; 3.榜单排名有意义吗&#xff1f; 大家好这里是AIWritePaper官方账号&#xff0c;官网&#x1f449;AIWritePaper~ 大模型开源更有前景&#xff1f; 参数越大真的越牛逼吗&#xff1f; 榜单排…...

编程日记 2025/9/3 11:16:33

【HDFS入门】Hadoop 2.0+ HDFS核心架构深度解析：高可用设计揭秘

目录 1 HDFS核心架构概述 2 高可用设计背景 3HDFS核心组件 3.1 Active与Standby NameNode 3.2 JournalNode 3.3 ZKFailoverController&#xff08;ZKFC&#xff09; 3.4 DataNode 4 高可用设计的工作流程 写入阶段&#xff1a; 元数据同步&#xff1a; 健康监测&…...

编程日记 2025/8/17 19:33:38

RabbitMQ安装

RabbitMQ安装 Ubuntu环境安装 一、安装Erlang #更新软件包 sudo apt-get update #安装erlang sudo apt-get install erlang 二、安装RabbitMQ #更新软件包 sudo apt-get update #安装rabbitmq sudo apt-get install rabbitmq-server #确认安装结果 systemctl status rabbitmq-…...

编程日记 2025/9/9 3:00:59

2022 CCPC Henan Provincial Collegiate Programming Contest K 复合函数

补题链接 看网上题解很少&#xff0c;来写一份&#xff0c;这题个人觉得思维难度不是特别大&#xff0c;难度主要在于代码准确度,首先将问题转化成 x x x 向 f ( x ) f(x) f(x) 连边&#xff0c;这一步转化应该是比较容易想到的&#xff0c;通过手模样例&#xff0c;会有类…...

编程日记 2025/9/6 6:57:27

Linux : 多线程互斥

目录 一 前言 二 线程互斥 三 Mutex互斥量 1. 定义一个锁&#xff08;造锁&#xff09; 2. 初始化锁 3. 上锁 4. 解锁 5. 摧毁锁 四 锁的使用 五 锁的宏初始化 六 锁的原理 1.如何看待锁&#xff1f; 2. 如何理解加锁和解锁的本质 七 c封装互斥锁 八 可重入…...

编程日记 2025/9/6 15:55:55

【数学建模】佳点集(Good Point Set)在智能优化算法中的应用与实现

佳点集(Good Point Set)在智能优化算法中的应用与实现 文章目录 佳点集(Good Point Set)在智能优化算法中的应用与实现1. 佳点集概述2. 佳点集的数学原理3. 佳点集在智能优化算法中的应用3.1 改进麻雀搜索算法(SSA)3.2 改进量子粒子群优化算法(QPSO)3.3 自适应分组差分变异狼群…...

编程日记 2025/9/6 9:31:25

redis linux 安装简单教程（redis 3.0.4）

redis.3.0.4.tar.gz 下载地址 链接: https://pan.baidu.com/s/19VAcrA6XS4mIesH6e5Jftg 提取码: bn2r &#xff08;1&#xff09;以安装目录&#xff1a;/home/zsl &#xff08;2&#xff09;将redis-3.0.4.tar.gz 拷贝到/home/zsl &#xff08;3&#xff09;tar xzvf redis-3.…...

编程日记 2025/9/7 1:23:53

探秘 Python 网络编程：构建简单聊天服务器

在计算机网络的世界里&#xff0c;网络编程是实现不同设备之间通信的关键技术。Python 凭借其简洁的语法和强大的库支持&#xff0c;在网络编程领域有着广泛的应用。无论是构建简单的聊天服务器&#xff0c;还是开发复杂的网络应用&#xff0c;Python 都能轻松胜任。 1 理论基础…...

编程日记 2025/9/9 4:08:50

debian转移根目录

如何在 BIOS 启动的 Debian 虚拟机中将根目录转移到 /dev/sda 设备上&#xff1f;本文将从硬盘分区&#xff0c;根目录复制&#xff0c;重新启动等几个方面介绍。 硬盘分区 1.检查磁盘&#xff1a;查看当前的磁盘和分区情况&#xff0c;确认新添加的磁盘设备名称。 parted -…...

编程日记 2025/9/6 10:02:22

vue3 element-plus表单验证

第一准备一个表单 form.vue <template><div><el-form><el-form-item label"姓名" prop"name"><el-input v-model"data.name" placeholder"请输入姓名"></el-input></el-form-item></e…...

编程日记 2025/9/10 11:14:47

Deepseek IP-Adapter与InstantID的区别

IP-Adapter与InstantID均为基于扩散模型的图像生成控制技术&#xff0c;但两者的算法设计目标、核心模块及应用场景存在显著差异。以下从技术架构、特征处理、条件控制等维度对比两者的差异&#xff1a; 1. 核心设计目标 IP-Adapter 由腾讯团队提出&#xff08;2023年8月&…...

编程日记 2025/9/7 15:37:21

OSI 七层模型与 TCP/IP 协议栈详解

OSI 七层模型与 TCP/IP 协议栈详解 网络协议模型是理解计算机网络和通信的基础&#xff0c;而 OSI 七层模型和 TCP/IP 协议栈是最常见的两种网络通信模型。虽然这两者有些不同&#xff0c;但它们都提供了一种分层的结构&#xff0c;帮助我们理解和设计网络通信。本文将详细介绍…...

编程日记 2025/9/9 0:26:54

synchronize 或者lock 锁常见的使用场景

在 Java 多线程编程中&#xff0c;synchronized 和 Lock&#xff08;如 ReentrantLock&#xff09;是两种常见的线程同步机制。以下是它们的核心区别和典型使用场景&#xff0c;结合代码示例说明&#xff1a; 一、synchronized 的常见场景 1. 简单的临界区保护 public class …...

编程日记 2025/9/5 15:37:23

Redis之缓存更新策略

缓存更新策略 文章目录 缓存更新策略一、策略对比二、常见的缓存更新策略三、如何选择策略四、实际应用示例五、使用 Cache-Aside TTL 的方式&#xff0c;实现缓存商铺信息详情1.引入StringRedisTemplate2.将查询商铺信息加入缓存3.更新商铺信息时移除缓存总结 六、注意事项 一…...

编程日记 2025/8/29 19:57:25

【操作系统学习篇-Linux】进程

1. 什么是进程 课本概念&#xff1a;程序的一个执行实例&#xff0c;正在执行的程序等 内核观点&#xff1a;担当分配系统资源&#xff08;CPU时间&#xff0c;内存&#xff09;的实体。 如果你就看这个来理解进程&#xff0c;那么恭喜你&#xff0c;作为初学者&#xff0c;你…...

编程日记 2025/9/6 18:07:57

Docker 前瞻

一、namespace 指令 1.1 dd 命令 dd 命令用于读取、转换并输出数据。 dd 命令可从标准输入或文件中读取数据&#xff0c;根据指定的格式来转换数据&#xff0c;再输出到文件、设备或标准输出。 语法 dd option if 文件名&#xff1a;输入文件名&#xff0c;默认为标准输入…...

编程日记 2025/9/4 15:49:07

【maxENT】最大熵模型（Maximum Entropy Model）R语言实现

文章目录 一、相关package介绍1.1 dismo 包1.2 raster包1.3 常见问题与解决 二、代码示例 &#x1f7e2;&#x1f7e0;先看&#xff1a;【maxENT】最大熵模型&#xff08;Maximum Entropy Model&#xff09;介绍与使用&#xff08;maxENT软件&#xff09; ASCII文件太大&#…...

编程日记 2025/9/9 6:18:44

高负载WEB服务器--Tomcat

高负载WEB服务器–Tomcat Tomcat介绍 Tomcat 是一个开源的轻量级应用服务器&#xff0c;在 Java Web 应用开发中被广泛使用。 发展历程&#xff1a;Tomcat 最初由 Sun Microsystems 开发&#xff0c;后来成为 Apache 软件基金会的一个项目。它的发展与 Java 技术的发展密切相…...

编程日记 2025/8/28 12:38:00

分页查询列表每页1000条的优化

项目中有一个客户列表,要求每页显示1000条,并且字段很多,接口返回大概要10秒钟,进行优化. 原本逻辑:使用mybatisplus构建查询条件,分页查询客户表,查出数据库DO对象,然后for循环转化成回显的VO对象.在转化的过程中出现了查库代码,导致当每页条数1000时,每一个客户转化都需要查询…...

编程日记 2025/9/5 15:10:26