当前位置：首页 > news >正文

AF3 Rotation 类解读

news 来源：原创 2025/8/2 13:39:21

Rotation 类（rigid_utils 模块）是 AlphaFold3 中用于 3D旋转 的核心组件，支持两种旋转表示： 1️⃣ 旋转矩阵 (3x3)
2️⃣ 四元数 (quaternion, 4元向量)

👉 设计目标：

允许灵活选择 旋转矩阵 或 四元数
封装了常用的 旋转操作（组合、逆旋转、应用到点上等）
像 torch.Tensor 一样，支持索引、拼接、广播等操作

源代码：

class Rotation:"""A 3D rotation. Depending on how the object is initialized, therotation is represented by either a rotation matrix or aquaternion, though both formats are made available by helper functions.To simplify gradient computation, the underlying format of therotation cannot be changed in-place. Like Rigid, the class is designedto mimic the behavior of a torch Tensor, almost as if each Rotationobject were a tensor of rotations, in one format or another."""def __init__(self,rot_mats: Optional[torch.Tensor] = None,quats: Optional[torch.Tensor] = None,normalize_quats: bool = True,):"""Args:rot_mats:A [*, 3, 3] rotation matrix tensor. Mutually exclusive withquatsquats:A [*, 4] quaternion. Mutually exclusive with rot_mats. Ifnormalize_quats is not True, must be a unit quaternionnormalize_quats:If quats is specified, whether to normalize quats"""if((rot_mats is None and quats is None) or (rot_mats is not None and quats is not None)):raise ValueError("Exactly one input argument must be specified")if((rot_mats is not None and rot_mats.shape[-2:] != (3, 3)) or (quats is not None and quats.shape[-1] != 4)):raise ValueError("Incorrectly shaped rotation matrix or quaternion")# Force full-precisionif(quats is not None):quats = quats.to(dtype=torch.float32)if(rot_mats is not None):rot_mats = rot_mats.to(dtype=torch.float32)if(quats is not None and normalize_quats):quats = quats / torch.linalg.norm(quats, dim=-1, keepdim=True)self._rot_mats = rot_matsself._quats = quats@staticmethoddef identity(shape,dtype: Optional[torch.dtype] = None,device: Optional[torch.device] = None,requires_grad: bool = True,fmt: str = "quat",) -> Rotation:"""Returns an identity Rotation.Args:shape:The "shape" of the resulting Rotation object. See documentationfor the shape propertydtype:The torch dtype for the rotationdevice:The torch device for the new rotationrequires_grad:Whether the underlying tensors in the new rotation objectshould require gradient computationfmt:One of "quat" or "rot_mat". Determines the underlying formatof the new object's rotation Returns:A new identity rotation"""if(fmt == "rot_mat"):rot_mats = identity_rot_mats(shape, dtype, device, requires_grad,)return Rotation(rot_mats=rot_mats, quats=None)elif(fmt == "quat"):quats = identity_quats(shape, dtype, device, requires_grad)return Rotation(rot_mats=None, quats=quats, normalize_quats=False)else:raise ValueError(f"Invalid format: f{fmt}")# Magic methodsdef __getitem__(self, index: Any) -> Rotation:"""Allows torch-style indexing over the virtual shape of the rotationobject. See documentation for the shape property.Args:index:A torch index. E.g. (1, 3, 2), or (slice(None,))Returns:The indexed rotation"""if type(index) != tuple:index = (index,)if(self._rot_mats is not None):rot_mats = self._rot_mats[index + (slice(None), slice(None))]return Rotation(rot_mats=rot_mats)elif(self._quats is not None):quats = self._quats[index + (slice(None),)]return Rotation(quats=quats, normalize_quats=False)else:raise ValueError("Both rotations are None")def __mul__(self,right: torch.Tensor,) -> Rotation:"""Pointwise left multiplication of the rotation with a tensor. Can beused to e.g. mask the Ro

AF3 Rotation 类解读

Rotation 类（rigid_utils 模块）是 AlphaFold3 中用于 3D旋转的核心组件，支持两种旋转表示： 1️⃣ 旋转矩阵 (3x3) 2️⃣ 四元数 (quaternion, 4元向量) 👉 设计目标：允许灵活选择旋转矩阵或四元数封装了常用的旋转操作（组合、逆旋转、应用到点上等）像 torch.…...

编程日记 2025/8/2 13:39:21

数据预处理习题

简述常用的文本数据类型。结构化文本：如数据库中的表格数据、JSON/XML格式数据，具有明确的字段和层级关系。非结构化文本：如自然语言文本（新闻、社交媒体内容）、长文档（书籍、论文）&#xff0…...

编程日记 2025/8/2 13:36:24

常见框架漏洞—中间件IIS

一.IIS6.x篇 1.在Windows server 2003中搭建网站 2.访问网站，并对该网站进行抓包 3.修改提交方式为PUT，然后写入木马 4.修改提交方式为MOVE，令将其更名为脚本⽂档后缀 5.我们在Windows server 2003中可以看到我们上传的shell.asp 6.我们在网…...

编程日记 2025/8/2 13:37:07

群体智能优化算法-蚁狮优化算法（Ant Lion Optimizer, ALO，含Matlab源代码）

一、文章摘要蚁狮优化算法（Ant Lion Optimizer，ALO）是一种新颖的元启发式算法，由Mirjalili提出，其灵感来源于自然界中蚁狮幼虫构筑陷阱捕猎蚂蚁的行为。该算法通过模拟蚂蚁的随机游走、蚁狮的陷阱机制、陷阱缩小及精…...

编程日记 2025/8/1 1:31:41

【计算机视觉】数据增强

一、数据增强的意义在深度学习中，数据集往往有限，而模型需要大量的样本来学习特征。数据增强技术通过对图像进行如下变换： 扩充样本数量：利用已有数据生成新的样本。提高模型鲁棒性：使模型适应不同的图像变换&#…...

编程日记 2025/7/29 10:25:10

BERT文本分类实战----美团外卖评论情绪分类

HuggingFace 提供了巨大的模型库，虽然其中的很多模型性能表现出色，但这些模型往往是在广义的数据集上训练的，缺乏针对特定数据集的优化，所以在获得一个合适的模型之后，往往还要针对具体任务的特定数据集进行二次训练&a…...

编程日记 2025/7/27 17:15:30

Chrome 133 版本开发者工具（DevTools）更新内容

Chrome 133 版本开发者工具（DevTools）更新内容一、持久化的 AI 聊天记录 AI 助手面板会在本地持久化聊天记录，即使重新加载 DevTools 或 Chrome，也可以查看之前与 Gemini 的对话内容。二、Performance 面板改进此版本为 Per…...

编程日记 2025/8/2 13:34:49

大模型应用（Java）2025/3/24

大佬视频👉使用Java实现一个基础的大模型RAG问答对话系统_哔哩哔哩_bilibili 需求让大模型来理解知识库内容，并根据知识库回答。通过本次应用我学到了： RAG工程的基本处理框架流程（基于java）向量数据库的基础使用…...

编程日记 2025/8/1 13:21:58

基于Sentinel-1A GRD洪涝淹没范围提取（SDWI阈值法和OSTU自动阈值法）

0 前言两幅灾前和灾后的遥感影像经过SARscape配准、滤波、辐射定标预处理之后，使用GDAL库分别使用SDWI阈值法和OSTU自动阈值法提取洪涝淹没范围 1 ENVI 5.6和SARscape5.6安装通过网盘分享的文件：ENVI5(1).6 链接: https://pan.baidu.com/s/1mKcEkC3…...

编程日记 2025/7/29 20:42:57

PPT 转高精度图片 API 接口

PPT 转高精度图片 API 接口文件处理 / 图片处理，将 PPT 文件转换为图片序列。 1. 产品功能支持将 PPT 文件转换为高质量图片序列；支持 .ppt 和 .pptx 格式；保持原始 PPT 的布局和样式；转换后的图片支持永久访问；全…...

编程日记 2025/7/28 14:27:35

IOS接入微信方法

导入SDK 和配置 SDK 的不做介绍； 1 在IOS 开发者中心 Identifiers 打开‘Associated Domains’ 2 建立一个文件（不带后缀的）apple-app-site-association, teamid在 IOS 开发者中心的会员找，appid在 xcode里面找 {"applin…...

编程日记 2025/8/1 13:37:15

隐式与显式等待的区别及混合使用

隐式等待（Implicit Wait）和显式等待（Explicit Wait）是 Selenium WebDriver 中两种不同的等待机制，用于处理动态加载的页面元素或异步操作。以下是它们的区别、作用范围以及混合使用的注意事项： 1. 核心区别…...

编程日记 2025/8/1 1:23:07

Selenium基本使用（三）隐藏框、获取文本、断言、切换窗口

1、定位文本框，密码框,按钮案例一： 网站：过期更新 from selenium import webdriver import time dxwebdriver.Chrome() dx.get("过期更新") time.sleep(2) dx.find_element_by_name("userAccount").send_keys("…...

编程日记 2025/7/28 21:37:51

蓝桥杯，利用 Vue.js 构建简易任务管理器

在日常开发中，我们经常需要处理各种任务和计划。一个简单且高效的任务管理器可以帮助我们更好地组织和安排时间。今天，我将向大家展示如何使用 Vue.js 构建一个简易的任务管理器。这个项目不仅能够帮助我们更好地理解 Vue.js 的基本语法和功能&#xff0…...

编程日记 2025/7/25 9:13:36

vmwaretools解压失败|vmware tools distrib cannot mkdir read only file system|bug汇总

最简单的一条路线：你的解压命令用sudo了吗？ 这个方法不能解决的话就看下面内容。本文提供给你全过程思路。如需转载，标记出处背景： 之前虚拟机和主机的复制黏贴还能用，今天突然用不了，重新下载安装包&am…...

编程日记 2025/8/1 16:32:32

类与对象(中)（详解）

【本节目标】 1. 类的6个默认成员函数 2. 构造函数 3. 析构函数 4. 拷贝构造函数 5. 赋值运算符重载 6. const成员函数 7. 取地址及const取地址操作符重载 1.类的6个默认成员函数如果一个类中什么成员都没有，简称为空类。空类中真的什么都没有吗&…...

编程日记 2025/7/27 1:18:22

2025-03-21 Unity 网络基础3——TCP网络通信准备知识

文章目录 1 IP/端口类1.1 IPAddress1.2 IPEndPoint 2 域名解析2.1 IPHostEntry2.2 Dns 3 序列化与反序列化3.1 序列化3.1.1 内置类型 -> 字节数组3.1.2 字符串 -> 字节数组3.1.3 类对象 -> 字节数组 3.2 反序列化3.2.1 字节数组 -> 内置类型3.2.2 字节数组 -> 字…...

编程日记 2025/7/29 23:39:08

练习8-8 移动字母

练习8-8 移动字母 day 8 void Shift( char s[] ){int lenstrlen(s);int a[3];for(int i0;i<3;i){a[i]s[i];}for(int i3;i<len;i){s[i-3]s[i];}s[len-3]a[0];s[len-2]a[1];s[len-1]a[2]; }...

编程日记 2025/7/27 16:09:46

BigEvent项目后端学习笔记（二）文章分类模块 | 文章分类增删改查全流程解析（含优化）

📖 模块概述文章分类模块包括新增文章分类、文章分类列表、获取文章分类详情、更新文章分类、删除文章分类功能。本篇对于原项目进行了代码优化，将原先写在 Controller 层的业务逻辑代码迁移至了 Service 层。 🛠️ 技术实现要点分组校…...

编程日记 2025/7/29 23:06:45

蓝桥杯，冬奥大抽奖

在日常的网页开发中，抽奖功能是一种常见的交互设计，它可以增加用户的参与感和趣味性。今天，我将分享一个简单的抽奖转盘实现，它使用了HTML、CSS和JavaScript，非常适合初学者学习和理解前端开发的基本概念。一、项目背…...

编程日记 2025/7/28 11:57:24

scNET：整合scRNA-seq和PPI用于学习基因和细胞的embedding

scRNA-seq 技术的最新进展为深入了解各种组织的异质性提供了前所未有的视角。然而，仅靠基因表达数据往往无法捕捉和识别细胞通路和复合物的变化，因为这些变化在蛋白质水平上更容易被察觉。此外，由于scRNA-seq数据存在高噪声水平和零膨胀等固有…...

编程日记 2025/7/26 10:55:19

第四天开始Unity Shader的学习之旅之Unity中的基础光照

Unity Shader的学习笔记第四天开始Unity Shader的学习之旅之Unity中的基础光照文章目录 Unity Shader的学习笔记前言一、我们是如何看到这个世界的1. 光源2.吸收和散射3.着色二、标准光照模型1. 自发光2. 高光反射① Phong模型② Blinn-Phong模型 3.漫反射4.环境光总结前…...

编程日记 2025/7/16 11:06:48

Lustre 语言的 Rust 生成相关的工作

目前 Lustre V6 编译器支持编译生成的语言为C语言。但也注意到，以 Rust 语言为生成目标语言，也存在若干相关工作。 rustre（elegaanz） 该项工作为 Lustre v6 语言的解析器，使用 Rust 语言实现。生成 Lustre AST。项…...

编程日记 2025/8/1 22:42:33

std::endl为什么C++ 智能提示是函数？

在使用vscode 的C智能提示后，输入endl 后，提示的却是std::endl(basic_ostream<CharT, Traits> &os), 感觉比较奇怪，各种代码里都是直接用的std::endl 啊， 这里怎么变成函数了呢？ 在 C 中，std::en…...

编程日记 2025/7/29 13:34:53

大模型在肺血栓栓塞症风险预测及临床方案制定中的应用研究

目录一、引言 1.1 研究背景与意义 1.2 研究目的与创新点二、肺血栓栓塞症概述 2.1 定义与流行病学 2.2 发病机制与病理生理 2.3 临床表现与诊断方法三、大模型技术原理与应用现状 3.1 大模型技术基础 3.2 在医疗领域的应用进展 3.3 选择大模型进行肺血栓栓塞症预…...

编程日记 2025/7/30 16:01:24

用一颗红黑树同时封装出map和set

目录 1. 红黑树源代码 2. 红黑树模版参数的控制 3. 红黑树节点当中存储的数据 4. 模板参数中仿函数的增加 5. 正向迭代器的实现 6. set模拟实现 7. map的模拟实现 8. 封装后的代码 8.1 红黑树的代码 8.2 正向迭代器的代码 8.3 set的代码 8.4 map的代码 1. 红黑树源…...

编程日记 2025/7/28 3:58:59

C Sharp上位机需要掌握哪些知识？

学历不高就不要有进大厂的想法了，你就在上位机这一条路上走到底。 .NET桌面程序开发有WPF和Winform。Winform比较简单，拖拖控件，难度不大，这种级别的开发，新人上手一个月就够了，但是不会有哪家公司专门招聘…...

编程日记 2025/7/29 1:28:28

【自学笔记】Spark基础知识点总览-持续更新

提示：文章写完后，目录可以自动生成，如何生成可参考右边的帮助文档文章目录 Apache Spark基础知识点总览目录简介核心组件Spark SQLDataFrame与Dataset APIRDD（弹性分布式数据集）Spark StreamingMLlib（机器…...

编程日记 2025/7/30 11:02:46

基于Spring Boot的智能停车计费系统的设计与实现（LW+源码+讲解）

专注于大学生项目实战开发,讲解,毕业答疑辅导，欢迎高校老师/同行前辈交流合作✌。技术范围：SpringBoot、Vue、SSM、HLMT、小程序、Jsp、PHP、Nodejs、Python、爬虫、数据可视化、安卓app、大数据、物联网、机器学习等设计与开发。主要内容：…...

编程日记 2025/7/26 20:06:39

数据不外传！通过内网穿透实现绿联NAS远程访问的安全配置方案

文章目录前言1. 开启ssh服务2. ssh连接3. 安装cpolar内网穿透4. 配置绿联NAS公网地址前言大家好，今天要带给大家一个超级酷炫的技能——如何让绿联NAS秒变‘千里眼’，通过简单的几步操作就能轻松实现内网穿透。想象一下，无论你身处何地&a…...

编程日记 2025/7/24 12:40:05

地理信息可视化技术大全【WebGIS 教程一】

前言： 在当今数据驱动的时代，地理信息技术（GIS）和空间数据可视化已成为科学研究、商业决策和智慧城市建设的重要工具。随着Web技术的快速发展，基于浏览器端的地图渲染和地理信息处理能力显著增强，各类开源与…...

编程日记 2025/7/29 15:41:26

huggingface datasets库中的load_dataset方法-------deepseek问答记录

1. 基本介绍 Hugging Face 的 datasets 库中的 load_dataset 方法是用于加载数据集的核心工具，它支持从多种来源（如本地文件、Hugging Face Hub、内存数据等）加载数据集，并返回标准的 Dataset 或 DatasetDict 对象，方…...

编程日记 2025/7/27 18:25:28

网络故障排查

网络故障排查导航一、电脑端排查引起网络故障的原因有很多，我按照实际处理遇到的问题的频率还有检测所需时间尽可能短开始进行排查，建议按下面的顺序来排查电脑网口首先，应该检查该网口是否正常闪烁黄灯如果没有亮灯，抓…...

编程日记 2025/7/23 21:24:05

字符串匹配问题(strs)（信息学奥赛一本通-1355）

【题目描述】字符串中只含有括号 (),[],<>,{},判断输入的字符串中括号是否匹配。如果括号有互相包含的形式，从内到外必须是<>,(),[],{}，例如。输入: [()] 输出:YES，而输入([])，([)]都应该输出NO。【输入】第一行为…...

编程日记 2025/7/28 10:42:17

MD2Card(markdown)

MD2Card 介绍： 1.小红书爆款神器，Markdown笔记秒转高颜值卡片 2.实时预览15种主题，自动拆长文，图片/SVG导出即用 3.零门槛不登录，免费无限生成，专治排版废和设计手残党网站地址： https://md2…...

编程日记 2025/7/31 13:36:44

企业微信实现“关联外部选项“、“审批控件中的外部选项“

企业微信实现"关联外部选项"、"审批控件中的外部选项" 需求背景参考文档需求背景公司自定义了运营成本审批流程的模板，需要调用公司API获取小区列表(关联外部选项)，将选中的值带入到审批里面来。开通配置权限请参考下面参考文档&…...

编程日记 2025/7/28 14:27:17

[实操]MySQL8 读写分离后，配合redis的方法与步骤

之前的文章已经提供相关MySQL8的主从与读写分离操作，为了在高并发场景中有更多的实际用处，于是编写该文章说明MySQL8在实现读写分离后结合Redis的方法与步骤。以下是文中提到的中间件及其版本： 以下是更新后的表格，包含了中间件…...

编程日记 2025/7/28 15:47:06

深度学习技术与应用的未来展望：从基础理论到实际实现

深度学习作为人工智能领域的核心技术之一，近年来引起了极大的关注。它不仅在学术界带来了革命性的进展，也在工业界展现出了广泛的应用前景。从图像识别到自然语言处理，再到强化学习和生成对抗网络（GAN），深度…...

编程日记 2025/7/25 7:05:35

JavaScript中匿名函数与箭头函数之间的区别与联系

什么是匿名函数和箭头函数？ 匿名函数：顾名思义，是没有名称的函数，通常在定义时立即使用或赋值给变量。它是JavaScript中传统的函数定义方式。箭头函数：是ES6（ECMAScript 2015）引入的一种新语法…...

编程日记 2025/7/30 13:54:41

ARCGIS PRO SDK ProWindow自定义窗口DataGrid控件的应用

ProWindow 是ArcGIS Pro SDK中用于创建自定义窗口的关键类，帮助开发者扩展ArcGIS Pro的功能和用户界面。这些窗口可以嵌入到ArcGIS Pro的主界面中，提供与核心功能的无缝集成。创建一个窗体xml： controls:ProWindowxmlns"http://schem…...

编程日记 2025/7/29 1:32:06

高效PDF翻译解决方案：多引擎支持+格式零丢失

软件介绍在AI翻译工具大行其道的今天，传统翻译软件市场逐渐饱和，但专业领域的深度需求依然存在。本文推荐的PDF翻译工具凭借20余种专业翻译接口，为学术文献、技术文档等复杂内容提供更精准的翻译服务，在保留文档原始排版的同时…...

编程日记 2025/7/31 7:29:31

Spring Boot

一.SpringBoot配置文件有三种种配置文件：application.yaml，application.yml，application.properties，但是我们一般使用yml结尾的配置文件其它一般不用。 1.properties 配置⽂件说明 ①基本语法和配置文件的读取 // 配置文件的…...

编程日记 2025/7/31 12:23:01

使用CSS3实现炫酷的3D翻转卡片效果

使用CSS3实现炫酷的3D翻转卡片效果这里写目录标题使用CSS3实现炫酷的3D翻转卡片效果项目介绍技术要点分析1. 3D空间设置2. 核心CSS属性3. 布局和定位实现难点和解决方案1. 3D效果的流畅性2. 卡片内容布局3. 响应式设计性能优化建议浏览器兼容性总结项目介绍在这个项目中…...

编程日记 2025/7/27 16:53:44

Excel 小黑第19套

对应大猫19 鼠标右键标签修改颜色将文本文件导入工作表中：数据 -现有链接 -浏览更多选择员工档案 （若预览是乱七八糟的文字，将文件格式改成简体中文）分隔符号看题目要求注意：将身份证号设置为文本格式将一列数…...

编程日记 2025/7/27 13:49:03

IDEA批量替换项目下所有文件中的特定内容

文章目录 1. 问题引入2. 批量替换项目下所有文件中的特定内容2.1 右键项目的根目录，点击在文件中替换2.2 输入要替换的内容 3. 解决替换一整行文本后出现空行的问题4. 增加筛选条件提高匹配的精确度更多 IDEA 的使用技巧可以查看 IDEA 专栏： IDEA 1. 问…...

编程日记 2025/6/28 2:06:50

从零构建大语言模型全栈开发指南：第二部分：模型架构设计与实现-2.1.1自注意力机制（Scaled Dot-Product Attention）的逐行代码实现

👉 点击关注不迷路 👉 点击关注不迷路 👉 点击关注不迷路文章大纲 2.1.1 自注意力机制（Scaled Dot-Product Attention）的逐行代码实现1. 自注意力机制的核心原理与数学表达1.1 注意力计算的三元组：`Q, K, V`2. 逐行代码实现与解析2.1 输入嵌入与权重矩阵初始化2.2 完…...

编程日记 2025/7/16 5:28:25

深入理解 Collections.emptyList()：优雅处理空列表的利器！！！

🚀 深入理解 Collections.emptyList()：优雅处理空列表的利器！🔧 大家好！👋 今天我们来聊聊 Java 中一个非常实用但容易被忽视的小工具——Collections.emptyList()。🎉 如果你经常需要返回一个…...

编程日记 2025/8/1 22:31:07

数据结构-ArrayList

文章目录 1. 线性表2. 顺序表3. ArrayList4. ArrayList的问题以及思考4.2 增容的性能消耗问题4.3 空间浪费问题 1. 线性表线性表（Linear List）是n个具有相同特性的数据元素的有限序列。线性表是一种在实际中广泛使用的数据结构，常见线性表&…...

编程日记 2025/7/31 1:31:18

[快乐学坊_2] 后端api测试

[快乐学坊management_1] With Cursor | Mysql设计 | 服务接口设计与开发在 apifox 测试发现，500 报错，因为AI 辅助配置的数据库有点问题我们要来进行更改一下重连一下我们上一篇文章中配置好了的 mysql 然后就可以观察到，连接成功了。我…...

编程日记 2025/7/27 11:45:35

盛铂科技国产SLMF315超低相位噪声频率综合器介绍

SLMF315频率综合器简介： 盛铂科技SLMF315超低相位噪声频率综合器的频率范围覆盖200MHz至15GHz。频率的最小步进仅为0.1Hz，在不考虑频率精度的情况下频率步进可达0.04Hz。SLMF315内部采用多环路设计从而获得极优秀的相位噪声特性，频率输出为1…...

编程日记 2025/7/28 12:57:23

源代码：

相关文章：