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CXSMILES介绍

news 来源：原创 2025/8/11 3:01:45

Chemaxon 扩展 SMILES/SMARTS 用于在 SMILES 字符串后存储分子的特殊特征。任何信息都可以存储在 SMILES 字符串后，只要它们由空格或制表符字符分隔，因为 SMILES 解析器会忽略这些信息，或者将它们作为注释使用。扩展特征以以下格式存储：

SMILES_String |<feature1>,<feature2>,...|

Chemaxon 的扩展 SMILES/SMARTS 不包含非 ASCII 字符，它们通常以字符代码 n 的形式被转义为 &#n;。在 S-group 中，ASCII 字符“,”、“;”、“|”、“{”、“}”也以这种方式转义。此外，符号“$”、“;”、“|”、“{”、“}”在美元符号之间（见原子标签/别名/值）也按上述方式编码。

扩展特征描述非常经济。如果分子中缺少某些特征，则不写入相应的特殊字符（例如：如果分子的原子根本没有别名字符串，则不写入“$”和“;”字符）。此外，如果分子没有任何要写入的特征，则省略扩展特征字段。

请注意，以 CXSMILES 格式生成的 SMILES 字符串部分并不总是与通过 smiles 输出生成的部分相同。例如，在二茂铁的情况下，配位键不会导出到普通 SMILES（[Fe].c1cccc1.c1cccc1），但它们会出现在 CXSMILES 中（c1

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