R语言的基础命令及实例操作
> T & F
[1] FALSE
> T & T
[1] TRUE
> T | F
[1] TRUE
> F | F
[1] FALSE
> a <- c(T,F,T)
> b <- c(F,F,T)
> a & b
[1] FALSE FALSE TRUE
> a | b
[1] TRUE FALSE TRUE
在 R 中,大小写是敏感的,也就是说 A 和 a 是不同的对象。
- 对象命名规则:
- 对象名不能以数字开头,但数字可以出现在对象名的中间或结尾。例如,a1 是合法的,但 1a 不是。
- 在命名对象时,建议使用点(.)作为分隔符,这样可以提高可读性。例如:anova.result1。
- 示例:创建一个向量:
- 你可以通过如下命令创建一个向量:
a <- c(10, 15, 21, 18)
这个向量 a 包含了 4 个元素,数据类型为数值型(numeric),长度为 4。
- 你可以通过如下命令创建一个向量:
- 命名注意事项:
- 在命名对象时,要避免与 R 中的保留名称(关键字)冲突。以下是一些保留名称示例:
- NA:缺失值
- NaN:非数值
- pi:圆周率常数
- LETTERS:包含所有大写字母的字符向量
- letters:包含所有小写字母的字符向量
- month.abb:月份的缩写
- month.name:月份的全名
- 在命名对象时,要避免与 R 中的保留名称(关键字)冲突。以下是一些保留名称示例:
避免将对象命名为这些保留名称,以免与 R 语言的内置功能冲突。
在 R 中,有几种基本的数据类型:
- 数值型(Numeric):
- 用于存储数字,包括整数和浮动点数。
- 示例:100, 0, -4.335
- 字符型(Character):
- 用于存储文本数据,通常用双引号或单引号括起来。
- 示例:"China"
- 逻辑型(Logical):
- 用于存储逻辑值,即 TRUE 或 FALSE。
- 示例:TRUE, FALSE
- 因子型(Factor):
- 用于表示分类数据,也就是不同类别或水平的变量。因子型变量可以用来表示类别,如性别、地区等。
- 示例:factor(c("Male", "Female", "Female", "Male"))
- 可以用来输入患者的信息
- 复数型(Complex):
- 用于存储复数数据,形式为 a + bi。
- 示例:2 + 3i
- 向量(Vector):
- 向量是同一类型元素的集合。向量是R中最基本的数据结构,可以包含数值、字符、逻辑值等。
- 示例:
v <- c(1, 2, 3, 4)
- 数组(Array):
- 数组是多维的数据表,可以是任意维度(维数 k)。数组的元素必须是相同的数据类型。
- 示例:创建一个二维数组
arr <- array(1:6, dim = c(2, 3))
- 矩阵(Matrix):
- 矩阵是数组的一个特例,具有 2 个维度(即行和列)。矩阵中的元素必须是同一数据类型。
- 示例:
mat <- matrix(1:6, nrow = 2, ncol = 3)
- 列表(List):
- 列表是一种可以包含不同类型元素的数据结构,可以包含向量、矩阵、数据框,甚至其他列表。与向量不同,列表中的元素可以是不同类型。
- 示例:
lst <- list(a = 1, b = "text", c = TRUE)
- 数据框(DataFrame):
- 数据框是由一个或多个向量或因子组成的二维结构,类似于数据库中的表格。数据框中的每列可以是不同的数据类型,但每列必须是等长的。
- 示例:
df <- data.frame(Name = c("Alice", "Bob"), Age = c(25, 30))
索引:
> count = c("a","b","c")
> count
[1] "a" "b" "c"
> count[1]
[1] "a"
> count[2]
[1] "b"
转置:
> matrix.x <- matrix(1:12,nrow=3,byrow=T)
> t(matrix.x)
[,1] [,2] [,3]
[1,] 1 5 9
[2,] 2 6 10
[3,] 3 7 11
[4,] 4 8 12
>
取行和列:
> df <- data.frame(Name = c("Alice", "Bob"), Age = c(25, 30))
> df
Name Age
1 Alice 25
2 Bob 30
> df[2,]
Name Age
2 Bob 30
> df[,2]
[1] 25 30
> df[2,1]
[1] "Bob"
> df$Name
[1] "Alice" "Bob"
对象类型判断:
> class(count)
[1] "character"
> class(df)
[1] "data.frame"
> class(x)
[1] "integer"
对象类型转换:
> gender = c('male','female','male')
> gender
[1] "male" "female" "male"
> class(gender)
[1] "character"
> as.factor(gender)
[1] male female male
Levels: female male
外部数据读取:
1. 读取 .txt 和 .csv 文件
read.table() 函数:
- read.table() 是 R 中最常用的函数之一,用于读取由空格或制表符(Tab)分隔的文本文件。它的默认分隔符是 空格 或 制表符(Tab),但可以通过参数 sep 来指定其他分隔符。
示例:
data <- read.table("data.txt", header = TRUE, sep = "\t")- header = TRUE:表示文件的第一行是列名。
- sep = "\t":表示数据之间是由制表符(Tab)分隔的。
读取的结果会存储为数据框(data frame),data 变量就包含了从文件中读取的数据。
read.csv() 函数:
- read.csv() 是 read.table() 的一种专门用于读取 CSV(逗号分隔值)文件的简化版本。它的默认分隔符是 逗号(,)。
示例:
data <- read.csv("data.csv", header = TRUE)- header = TRUE:表示文件的第一行是列名。
读取的结果会同样存储为数据框。
- header = TRUE:表示文件的第一行是列名。
2. 其他文件格式的读取
R 也可以通过一些专门的程序包来读取其他格式的数据文件。例如:
- Excel 文件:可以使用 readxl 或 openxlsx 包来读取 .xlsx 或 .xls 文件。
library(readxl)
data <- read_excel("data.xlsx") - SAS 文件:可以使用 haven 包来读取 .sas7bdat 文件。
library(haven)
data <- read_sas("data.sas7bdat") - DBF 文件:可以使用 foreign 包来读取 DBF 格式文件。
library(foreign)
data <- read.dbf("data.dbf") - Matlab 文件:使用 R.matlab 包来读取 .mat 文件。
library(R.matlab)
data <- readMat("data.mat") - SPSS 文件:使用 haven 包读取 .sav 文件。
library(haven)
data <- read_spss("data.sav") - Minitab 文件:可以使用 foreign 包来读取 .mtw 文件。
library(foreign)
data <- read.minitab("data.mtw")

> data <- read.table("C:/Users/admin/Desktop/BMI.txt", header = TRUE, sep = "\t", stringsAsFactors = FALSE)
> data
height weight
1 1.75 60
2 1.80 72
3 1.65 67
4 1.90 50
5 1.74 95
6 1.91 72
> class(data)
[1] "data.frame"
查看当前的工作路径和修改工作路径:
> getwd()
[1] "C:/Users/admin/Documents"
> setwd("C:/Users/admin/Desktop")
两个点代表返回上级目录,一个点代表当前目录:
> setwd("../")
> getwd()
[1] "C:/Users/admin"
实例1:


实例2:
研究对象:肺癌,乳腺癌,膀胱癌,肝癌
研究方法:转录组测序,找到共同的差异基因
已有数据:四种肿瘤各自的差异基因
具体步骤:
1.读入数据-read.table()
2.取得交集-intersect()
3.频数统计,找到更多热点基因-table()
4.韦恩图可视化-venn.diagram()


Label.col和cat.col我没写可以自己加

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