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AF3 deduplicate_unpaired_sequences函数解读

news 来源：原创 2025/9/12 2:17:49

AlphaFold3 msa_pairing模块的deduplicate_unpaired_sequences 函数的作用是移除 chain['msa'] 中那些已经存在于 chain['msa_all_seq'] 中的序列。换句话说，它保留那些不在 chain['msa_all_seq'] 中的序列，从而确保未配对的 MSA 序列不会与配对的 MSA 序列重复。

源代码：

MSA_FEATURES = ('msa', 'msa_mask', 'deletion_matrix', 'deletion_matrix_int')def deduplicate_unpaired_sequences(np_chains: List[Mapping[str, np.ndarray]]) -> List[Mapping[str, np.ndarray]]:"""Removes unpaired sequences which duplicate a paired sequence."""feature_names = np_chains[0].keys()msa_features = MSA_FEATURESfor chain in np_chains:# Convert the msa_all_seq numpy array to a tuple for hashing.sequence_set = set(tuple(s) for s in chain['msa_all_seq'])keep_rows = []# Go through unpaired MSA seqs and remove any rows that correspond to the# sequences that are already present in the paired MSA.for row_num, seq in enumerate(chain['msa']):if tuple(seq) not in sequence_set:keep_rows.append(row_num)for feature_name in feature_names:if feature_name in msa_features:chain[feature_name] = chain[feature_name][keep_rows]chain['num_alignments'] = np.array(chain['msa'].shape[0], dtype=np.int32)return np_chains

源码解读：

1. 提取特征名称和 MSA 特征集合

feature_names = np_chains[0].keys()
msa_features = MSA_FEATURES

feature_names：获取第一个链的所有特征名称。
msa_features：定义了哪些特征属于 MSA 特征（如 msa、deletion_matrix 等）。

2. 遍历每条链

for chain in np_chains:

遍历输入列表中的每条链。

3. 创建序列集合用于哈希

sequence_set = set(tuple(s) for s in chain['msa_all_seq'])

将 msa_all_seq 数组中的每一行转换为元组（因为 NumPy 数组不能直接哈希），并存储到一个集合中。这个集合用于快速查找哪些序列已经存在于配对的 MSA 中。

4. 保留未配对序列（不在`chain['msa_all_seq']` 中）

keep_rows = []
for row_num, seq in enumerate(chain['msa']):if tuple(seq) not in sequence_set:keep_rows.append(row_num)

遍历当前链的 msa 数组（未配对的 MSA 序列）。
对于每一行，检查它是否已经存在于 sequence_set 中（即是否与配对的 MSA 序列重复）。
如果不重复，则将该行的索引添加到 keep_rows 列表中。

5. 更新 MSA 特征

for feature_name in feature_names:if feature_name in msa_features:chain[feature_name] = chain[feature_name][keep_rows]

遍历当前链的所有特征名称。
如果特征名称属于 MSA 特征集合，则根据 keep_rows 列表更新该特征的数据，移除重复的行。

6. 更新 `num_alignments` 特征

chain['num_alignments'] = np.array(chain['msa'].shape[0], dtype=np.int32)

更新 num_alignments 特征，表示当前链的 MSA 行数。

7. 返回更新后的链列表

return np_chains

返回更新后的链特征字典列表。

AF3 deduplicate_unpaired_sequences函数解读

AlphaFold3 msa_pairing模块的deduplicate_unpaired_sequences 函数的作用是移除 chain[msa] 中那些已经存在于 chain[msa_all_seq] 中的序列。换句话说，它保留那些不在 chain[msa_all_seq] 中的序列，从而确保未配对的 MSA 序列不会与配对的 MSA 序列重复…...

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