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这类物种组织heatmap有点东西

news 来源：原创 2025/7/5 23:03:24

如果想知道研究对象（人、小鼠、拟南芥、恒河猴等​​）某个时候各个器官的fMRI信号强度、炎症程度等指标的差异，gganatogram可以以热图的形式轻松满足你的需求。

数据准备

以男性为例，数据包含四列，

每列详细介绍

  • organ，人体解剖图中特定的器官或部位名称，例如"左心房"、"垂体" 等
  • colour，指定organ的填充颜色
  • type，指定organ的分组（例如 "神经系统"、"消化系统"、"循环系统"等），用于区分不同系统
  • value，每个organ的相关数据（例如fMRI信号强度、炎症程度等指标等），会被映射到颜色梯度

下面举个例子介绍gganatogram的使用。

男女人体剖面热图 

## 21.1_01
# 未经过允许禁止转载！
# @Author  :  公众号:pythonic生物人
# @Desc    :  21.1 人体解剖图library(gganatogram)
library(ggplot2)
library(gridExtra)# 男性解剖图
hgMale <- gganatogram(data = hgMale_data, fillOutline = "#440154FF", organism = "human", sex = "male", fill = "value") + # 使用hgMale_data绘制男性解剖图，填充基于valuetheme_void() + # 移除背景和轴线scale_fill_gradient2(low = "#440154", mid = "#21908C", high = "#FDE725", midpoint = median(hgMale_key$value)) + # 设置颜色梯度：深紫-青-黄ggtitle("Human Male") # 添加标题“Human Male”# 女性解剖图
hgFemale <- gganatogram(data = hgFemale_data, fillOutline = "#440154FF", organism = "human", sex = "female", fill = "value") + # 使用hgFemale_data绘制女性解剖图，填充基于valuetheme_void() + # 移除背景和轴线scale_fill_gradient2(low = "#D73027", mid = "#FFFFBF", high = "#4575B4", midpoint = median(hgFemale_key$value)) + # 设置颜色梯度：红-黄-蓝ggtitle("Human Female") # 添加标题“Human Female”grid.arrange(hgMale, hgFemale, ncol = 2)

使用上文“1.4.10 organisms数据集”，

我们也可以只展示type中的某个分组，例如，

也可以展示其它物种，例如，小鼠，

例如，细胞，

以及其它物种，

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这类物种组织heatmap有点东西！

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